В начале 1904 года уездный исправник господин Плотников перед своей отправкой в Восточную Сибирь к новому месту службы пришел к Матроне за благословением. Она благословила его святой иконой Успения Божией Матери, привезенной ею из Иерусалима, протянула ее господину, сказав при этом: «На вот тебе! Благословляю. Заступницей будет всегда твоей Царица Небесная. Никогда не расставайся с ней, никто тебя не убьет, и никакая пуля не заденет». Плотников смутился, но оказалось, что эти напутственные слова имели пророческое значение. В 1905 году вспыхнуло революционное движение, и ему пришлось возглавить борьбу с мятежниками и наводить порядок в Восточной Сибири. Революционеры вынесли Плотникову смертный приговор, много раз на его жизнь покушались, но заступница Царица Небесная оберегала его. В сентябре 1905 года Плотников вернул икону Успения Божией Матери Матроне, которая завещала после своей смерти доставить эту святую икону в Москву, ее высочеству великой княгине Елизавете Федоровне, что и было исполнено в мае 1911 года.
Господину Плотникову довелось услышать от Матроны еще одно удивительное пророчество. 26 сентября 1910 года, в день своего приезда из Сибири, он пришел к Матронушке со всей своей семьей. Встретив гостей, старица сказала: «У меня семь лампадочек погасло. В Россиюшке что-то будет нехорошо. Царя-то батюшку Господь спасет. Вот через год сами увидите». Подтверждением этого пророчества стало убийство в сентябре 1911 года в Киеве, в присутствии самого императора, председателя Совета министров П. А. Столыпина. Случилось это уже после смерти Матронушки.
Последнее предсказание Матронушки-Босоножки было услышано проживающим в Петербурге крестьянином Тверской губернии П. В. Лабутиным, и относилось оно к близкой кончине старицы. По рассказу Лабутина, в октябре 1910 года он оказался в тяжелом положении: без заработка и должности, которую не мог найти, несмотря на все старания. В отчаянии обратился он к Матронушке. Она помолилась, благословила его святой иконой и сказала: «Бог даст, завтра же получишь место». По возвращении домой Лабутин получил известие с предложением о работе.
Лабутин стал почитателем старицы, часто навещал ее. Был он у Матронушки и в день ее ангела, 27 марта 1911 года, за три дня до ее кончины. Матронушка болела и разговаривать не могла. Лабутин обещал зайти в другой раз, когда она поправится от болезни. На это Матронушка сказала: «Нет, уж ты более не придешь и меня не увидишь».
День своей смерти Матронушка-Босоножка предвидела заранее и готовилась к нему в течение двух лет: каждую неделю исповедовалась и причащалась, несколько раз соборовалась. Уже в начале марта она почувствовала себя очень плохо, быстро ослабла, перестала выходить из дома, а концу месяца уже не вставала с постели.
Некая дама подарила Матронушке новый белый платок. Получая его, старица сказала: «Повяжите меня этим платочком на смерточку-то».
Во вторник утром, сидя на кровати, Матрона сказала: «Вместе с водой и льдом уйду от вас». Матронушка-Босоножка умерла 30 марта 1911 года, когда на Неве начался ледоход.
Она прожила не менее 92 лет (согласно паспорту, хотя сама она говорила, что ей 97 лет). После смерти стало известно, что Матронушка-Босоножка была тайной монахиней, поэтому в гроб ее положили с деревянным наперсным крестом в одежде схимонахини. Известие о ее кончине быстро разнеслась по Петербургу, и толпы людей заполнили улицы у ее домика, желая проститься со старицей и проводить ее в последний путь. На ее похороны пришло около 25 тысяч человек: старцы, странники, нищие, столичное купечество, чиновники, жены и дочери фабричных рабочих, элегантные нарядные дамы. Оплакивали Матрону и в царской семье, где ее высоко чтили. Императрица Елизавета Федоровна распорядилась послать на могилу старицы венок. Ее гроб также был украшен крестом из живых белых роз.
На похоронах старицы Матроны присутствовали и представители высокого духовенства, такие как старший цензор Санкт-Петербургского духовно-цензурного комитета архимандрит Александр, протоиерей о. А. М. Иванов, протоиерей о. П. И. Скипетров, протоиерей о. И. С. Любимов; иеромонах Афонского подворья о. Гавриил; диаконы И. В. Богданов и И. И. Александров.
Помощь в устройстве похорон оказали такие уважаемые в столице лица, как высокопреосвященнейший Антоний, митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский, санкт-петербургский градоначальник генерал-майор Д. В. Драчевский, управляющий Кабинетом Его Императорского Величества генерал-майор Е. Н. Волков, местный настоятель о. А. М. Иванов.
Похороны состоялись 3 апреля, в Вербное воскресенье. Литургию в день похорон совершал протоиерей отец Петр Скипетров, будущий настоятель Скорбященской церкви и будущий мученик за веру при советской власти, при диаконе о. И. И. Александрове. Совершили отпевание, отслужили панихиды.