Комитет несколько изменил план своего председателя. Решено было сохранить единую школу,
но с тем, чтобы богословские предметы были выделены и сосредоточены в одном высшем цикле. Это было в духе старой школьной системы. Общий двенадцатилетний курс был так построен, что первые восемь классов приводились в соответствие с планами общей школы. Богословские предметы были отнесены преимущественно к высшей ступени, на последние четыре года…С мест высказывались пожелания, чтобы древние языки были превращены в необязательный предмет, оставлены в программах только для тех, кто имеет в виду продолжать образование в высшей школе. Нужны ли они для сельского духовенства? Комитет не признал возможным снижать общий образовательный уровень духовной школы. Греческий, как язык Священного Писания и святых отцов, тесно связанный к тому же и со славянским, должен остаться в семинарском курсе в неприкосновенности. Латинский же должен быть удержан, как язык классический. Комитет предполагал сделать обязательным еврейский. Сокращен был только курс наук математических. Преподавание философии было восстановлено в полной мере…
Работы комитета были переданы на рассмотрение и отзыв епархиальных преосвященных, академических конференций и отдельных сведущих лиц. Поступали эти новые отзывы с большим запозданием, уже в 1864 и 1865 гг. Тем временем вопрос о школьных реформах обсуждался в периодической печати. В 1862-м году вышла известная книга Ростиславова «О состоянии духовных училищ в России», печатанная в Лейпциге. Книга эта вызвала большое возбуждение и к свободному обращению в России допущена не была…
Только с назначением в Синодальные обер-прокуроры графа Дм. А. Толстого, в 1865-м году, вопрос о школьных преобразованиях был сдвинут дальше. Это решающее влияние государственной инициативы очень характерно. То была скорее государственная, чем церковная реформа. То государство реформировало свою
школу «духовного ведомства…»Новому обер-прокурору удалось наперед обеспечить значительное увеличение правительственной ассигновки. Удалось отыскать новые средства и на местах. И в 1866-м году был учрежден новый комитет для разработки духовно-школьных уставов, под номинальным председательством Киевского митрополита Арсения. Обыкновенно же председательствовал в комитете Нектарий, тогда епископ Нижегородский, присутствовавший в Синоде, бывший перед тем ректором Санкт-Петербургской академии. В состав комитета были введены снова и светские члены, представители других ведомств…
Комитет почти без споров решил оставить общую схему старых уставов 1814-го года без изменений. Духовные училища оставлялись в качестве приготовительной ступени, и семинарии по-прежнему должны были быть школой общеобразовательной с богословскими предметами. План арх. Димитрия был оставлен без всякого применения…
К нему возвращались только «два архимандрита» в своем особом мнении, — Филарет Филаретов, ректор Киевской академии, и Михаил Лузин, инспектор Московской академии. Разделением школы образовательной и пастырской архимандриты рассчитывали обойти слишком суровое ограничение числа казенных воспитанников или стипендиатов в единой школе, что должно было очень затруднить духовенство в воспитании их детей…
При составлении окончательного проекта устава «два архимандрита» подали свой параллельный проект. В их мотивировке повторяются все основные доводы арх. Димитрия. Предлагали они ввести семиклассные гимназии с классическим курсом и трехгодичные несословные пастырские семинарии. Предложение «двух архимандритов» было отвергнуто комитетом. Казалось опасным обособлять богословскую степень. Многих ли такая обособленная богословская школа к себе привлечет? В гимназиях же ослабеет церковность, если слишком широко откроется доступ к светским состояниям. Впрочем, под влиянием протеста архимандритов, и в общекомитетском проекте устава было строже проведено разграничение богословских и общих предметов, и после окончания общих ступеней предоставлялась возможность выхода желающим. Еще в 1863-м году семинаристам был открыт доступ в университеты (закрыт был в 1879-м году по мотивам общеполитическим). Следует отметить, что при обсуждении предположений комитета 1860-го года Макарий Булгаков, тогда архиепископ Харьковский, решительно высказывался за разделение двух типов школ. Он даже предлагал передать предположенные духовные гимназии в общее ведение с тем, чтобы содержались они на государственный счет, но преподаватели в них определялись из духовных академий и епархиальный архиерей оставался почетным блюстителем. Только богословские училища подобает содержать на церковный счет. В духовных гимназиях следует возможно приблизиться к светским, чтобы устранить рознь и предубеждения, и даже начальствующих лиц следует определять из светских, однако — с академическим образованием. Кроме того, Макарий считал нужным расширить власть педагогических советов и ограничить власть начальников…