По проекту большинства новые уставы были приняты Синодом и утверждены Высочайшей властью в мае 1867-го года. В общем удержана была схема 1814-го года. Характерным было, однако, разрешение принимать в высший богословский класс и желающих со стороны, окончивших среднюю школу, по испытании в богословских предметах за предыдущее классы семинарии. Кроме того, в этот богословский класс допускались и слушатели из людей зрелого возраста, имеющих значительную церковную начитанность, по личному усмотрению епархиального архиерея. И то, и другое было предложено обер-прокурором. Это был бледный намек на независимость богословской школы…
Из общих перемен в постановке школьного дела особенно важным было широкое применение выборного и совещательного начала. Должность ректора в семинариях становилась выборной, избирало правление семинарии, но кандидатов намечало общее педагогическое собрание, — епархиальный архиерей представлял избранных кандидатов в Синод, мог предложить при этом и своего кандидата, — Синод был волен утвердить одного из избранных или назначить своего кандидата. В большинстве семинарий были избраны в ректора лица белого духовенства или даже миряне, изъявившие согласие принять священный сан. Избирательной стала и должность инспектора. Преподавательской корпорации было предоставлено широкое участие в управлении семинарией. Это было особенно чувствительным отступлением от прежней системы. Очень важным было и то, что к активному участию в жизни духовных школ теперь привлекалось и само духовенство, в лице своих депутатов, введенных в состав семинарских правлений. Духовные училища и вообще поручались ближайшему попечению местного духовенства. Это связано было, прежде всего, с тем, что духовенство привлекалось к материальному обеспечению школ из местных средств. Естественно было дать ему и возможность наблюдения. Именно ради организации сословной денежной самопомощи и были с 1867-го года организованы «епархиальные съезды» или собрания духовенства…
Все эти новшества на деле не всегда применялись вполне свободно, и многие из них бывали отменяемы гласно или негласно. Да и весь школьный режим был серьезно изменен уже в 1884-м году, так что уставы «шестидесятых годов» были в действии не более пятнадцати лет. Во всяком случае, то был шаг навстречу жизни…
Вслед за утверждением новых уставов, по предложению обер-прокурора, было упразднено Духовно-Учебное Управление и вместо него открыт Учебный Комитет при Святейшем Синоде. Председателем комитета был назначен известный Парижский посольский протоиерей, . Иосиф Васильев. Учебный Комитет подчинялся Синоду, но характерно, что писать в Комитет нужно было на имя обер-прокурора. В сущности, духовные школы по-прежнему оставались в главном ведении самого обер-прокурора. Эта зависимость даже усилилась, ибо была ослаблена связь семинарий с духовными академиями, хотя академиям и было предоставлено новое право испытывать («пробными уроками») и рекомендовать кандидатов на школьные должности, — на практике это создавало необычайную путаницу и волокиту. Влияние государственной власти в духовных школах стало особенно очевидно с развитием в Учебном Комитете института членов-ревизоров, всегда из светских чиновников, хотя бы и с академическим образованием и духовного звания по рождению, представлявших собственно лицо обер-прокурора (подобно секретарям духовных консисторий)…
Уже только после утверждения общих духовно-школьных уставов был двинут и вопрос о реформе духовных академий. В 1867-м году были спрошены и представлены заключения академических конференций. Сразу же была образована комиссия под председательством Нектария, из членов духовных и светских, и в 1858-м году она уже представила свой проект нового устава. Проект был сразу же опубликован «для всеобщего обсуждения». Синод просил представить свои заключения о проекте преосвященных академических городов, а также преосвященных Макария Литовского, Евсевия Могилевского, Леонтия тогда Подольского. В 1869-м году проект был еще раз пересмотрен комиссией в расширенном составе и внесен в Синод. Устав получил Высочайшее утверждение 30 мая 1869 г. С осени же было решено преобразовать академии Санкт-Петербургскую и Киевскую, и в следующем году — Московскую и Казанскую…