Расследование дела только начало продвигаться, как обнаружилась уязвимость Скуратова. На камеру был снят похожий на него человек, развлекавшийся с двумя проститутками в сауне, по-видимому, в нетрезвом состоянии. Данное видео впервые показали по государственному телеканалу РТР. Это вызвало сенсацию; кадры из видеоролика были опубликованы в большинстве российских газет. То, что на видео присутствовал сам Скуратов, так и не было доказано, и он утверждал, что его опознали ошибочно и что его враги в Кремле намеревались очернить его репутацию. Хотя никто не мог определить, кем был снят этот ролик, как и то, кто на самом деле на нем присутствовал, имелись все признаки того, что это ловушка ФСБ. Путин выступил с подтверждением того, что обнаженный круглолицый человек на видео и есть генеральный прокурор. В тот день, когда были совершены рейды на «Сибнефть», Ельцин, по слухам, вызвал Скуратова на свою дачу в Горки-9, где к удивлению генерального прокурора рядом с Президентом находился также Путин. В присутствии Путина Ельцин «предложил» Скуратову немедленно написать прошение об отставке. У прокурора не оставалось выбора. Получив документ, Ельцин засмеялся и пожал руку Путина, что усугубило унизительность ситуации.
Версия Путина относительно данной истории существенно отличается. Он говорит, что на встрече присутствовало четыре человека: Ельцин, Скуратов, Примаков и непосредственно он сам. Ельцин положил видеозапись и фотографии на стол и сказал: «Я полагаю, вам не следует продолжать работу в качестве генерального прокурора». Примаков согласился. «Да, Юрий Ильич, я думаю, вам необходимо написать заявление об отставке». Скуратов поразмыслил, затем взял лист бумаги и написал заявление об уходе. Но Скуратов не сдался. Самым влиятельным его союзником был оппонент Ельцина Юрий Лужков. В качестве регионального лидера он являлся членом Совета Федерации, верхней палаты российского парламента, в чью ответственность входил контроль деятельности прокурора. Совет проголосовал в поддержку Скуратова, после чего тот отменил прошение об отставке и обнародовал детали своего незаконченного расследования по делу о контрактах на реставрацию Кремля. Лужков вел весьма агрессивную политику, разжигая огонь и требуя, чтобы прокурору дали возможность закончить свою работу.
Двадцать четвертого марта Евгений Примаков летел в Вашингтон с официальным визитом, но, узнав, что НАТО начала бомбардировку Югославии, он приказал повернуть самолет над Атлантикой и лететь обратно в Москву. Российские СМИ окрестили это решение «петлей Примакова», и оно нашло бурную поддержку общественности. Действительно, к своему достоинству, Примаков стал чрезмерно популярной, честолюбивой и опасной фигурой. Ажиотаж вокруг его личности в Кремле привел к тому, что Ельцин стал подозревать, что премьер-министр организует заговор с одним из его самых близких советников, генералом Николаем Бордюжей с целью свержения Президента.
Взлет Бордюжи по скорости был подобен метеору, столь же головокружительным было его падение. Бывший офицер КГБ был руководителем Федеральной пограничной службы, а 14 сентября 1998 года он был назначен главой всемогущего Совета безопасности. Спустя четыре месяца он стал руководителем ельцинского штаба, что сделало его одним из самых влиятельных людей в России. Однако вскоре после этого Бордюжа потерял обе должности. 19 марта на смену ему пришел бородатый экономист Александр Волошин, один из бывших деловых партнеров Березовского, человек, удивительно гармонично вписывающийся в это хитросплетенное общество, а спустя несколько дней должность председателя Совета безопасности принял Путин. Тем не менее, Примаков продолжал оказывать давление на Березовского. 5 апреля заместитель прокурора Николай Волков подписал ордер на его арест в связи с обвинением в неправильном использовании дохода «Аэрофлота». Березовский никогда не был держателем акций «Аэрофлота», но имел доступ к миллионам долларов в твердой валюте от продаж билетов на международные авиарейсы. Березовский находился в то время в Париже и добился аннуляции ордера, совершив телефонный звонок своим союзникам в Кремле. «Примаков намеревался посадить меня в тюрьму, – прокомментировал Березовский. – Мы отмечали день рождения моей жены, [и] совершенно неожиданно на торжество явился Путин. Он пришел и заявил: „Меня ничуть не заботит, что Примаков теперь подумает обо мне. Я чувствую, что в настоящее время это является правильным“».