Скандал 1999 года в связи именем Бородина, однако, еще не стих. Возможно, Путин полагал, что ему осталось лишь дискредитировать прокурора Скуратова, но ситуация с Бородиным преследовала его после того, как в январе 2001 года он направил его в качестве своего представителя в Америку на инаугурацию президента Буша. Неожиданно для Бородина по прибытии в Нью-Йорк его арестовали в аэропорту Кеннеди и впоследствии выдали Швейцарии в соответствии с ордером, выданным через посредство Интерпола неким Бернаром Бертоссой, главным прокурором Женевы. Обоснованием служило то, что Бородин потребовал и получил 25 миллионов долларов в качестве «отката» по контрактам на сумму 492 миллиона долларов, которые он дал Швейцарской компании Mercata Trading and Engineering, которую он нанял с целью реставрации Кремля, когда возглавлял ельцинское Управление делами Кремля. Согласно данным, содержащимся в обосновании, Бородин и дочь Ельцина Татьяна переводили на собственные счета миллионы долларов из «Мабетекс», филиала компании «Мерката», которая сама по себе была не чем иным, как «почтовым ящиком», принадлежавшим российскому бизнесмену Виктору Столповских. По слухам, у Ельциных были заморожены миллионы долларов в швейцарских банках. Арест Бородина рассматривался в Москве как преднамеренный акт, спроектированный новой администрацией Буша, чтобы спровоцировать Кремль. Согласно мнению экспертов, это было противостояние Буша и Путина. Бородин был Секретарем Союза России и Белоруссии, а Билл Клинтон уже ясно дал понять, что был в ярости оттого, что власти Белоруссии имели безрассудство сопротивляться неолиберальной политике, которую он пытался им навязать: правительство страны отказалось присоединиться к программе развития «гражданского общества», которой руководила бывший министр иностранных дел Мадлен Олбрайт.
Бородин получил приглашение 13 января – лишь за неделю до грандиозного события в Вашингтоне. Приглашение поступило от официального члена инаугурационной команды – некого Винсента Зенги, состоятельного адвоката из Уэст-Палм-Бич, штат Флорида, вложившего крупную сумму в кампанию Буша. Не покидавший страну на протяжении целого года Бородин обратился в американское посольство в Москве с просьбой поставить визу в его дипломатическом паспорте, но посольство решило перенаправить его запрос в государственный департамент США в Вашингтоне для «консультации». Не теряя времени даром, 17 января он сел на борт авиакомпании «Дельта», отправлявшийся в Нью-Йорк, воспользовавшись своим личным паспортом, в котором была проставлена виза, разрешающая ему въезд в Соединенные Штаты Америки в «деловых и личных целях».
10 января швейцарские власти выпустили международный ордер на его арест, и, когда он был произведен, Бородин заявил о дипломатической неприкосновенности, но ему напомнили, что он путешествует не по дипломатическому паспорту.
В то время как Бородин томился в тюремной камере, ему, как он утверждает, «не единожды» звонил президент Путин. Бешеные закулисные маневры привели к дипломатическому решению вопроса с американскими властями. Было предложено, чтобы Бородин остался под домашним арестом в доме генерального консула посольства России в Нью-Йорке, в то время как российский посол в Соединенных Штатах Америки Юрий Ушаков предоставил личную гарантию того, что Бородин явится в суд.