На этом посту Квашнин, как говорят, развил бурную деятельность, в краткие сроки разработав план реструктуризации ВС РФ и фактически превратив Генштаб в самостоятельное от министерства обороны ведомство. Он, как уже упоминалось, даже инициировал подписание Б.Ельциным распоряжения, позволяющего ему в экстренных случаях обращаться напрямую к Президенту, минуя министра. Забегая немного вперед, скажем, что в ответ министр обороны инициировал создание Главного командования стратегических ядерных сил, не подчиняющееся начальнику Генштаба. Кстати, именно в этом кроется причина патологического неприятия Квашниным РВСН.
Несмотря на то, что министром обороны стал противник Квашнина Игорь Сергеев, начальник Генштаба начал кадровые продвижения своих людей: Виктор Казанцев стал Командующим СКВО, Геннадий Трошев стал его заместителем; в августе 1997 года начальником Главного оперативного управления ГШ стал Юрий Балуевский; в ноябре — Главнокомандующим ВМФ стал однокурсник Квашнина по академии ГШ Владимир Куроедов.
В августе 1997 года министром юстиции был назначен другой член команды — Сергей Степашин. В результате, по некоторым данным, сформировалась связка: Савостьянов — Степашин — Квашнин. Говорят, что в круг лиц, с которыми контактировал в Администрации Президента РФ Квашнин в этот период входил и
Владимир Путин.В ходе войны Квашнина с Игорем Сергеевым, был отставлен Петр Дейнекин, Главком ВВС, сопротивлявшийся объединению ВВС и ПВО. На его место был поставлен генерал-полковник авиации
Анатолий Корнуков, командующий авиацией ПВО, который поддержал идею Квашнина об объединении.Говорят, что в свое время Квашнин был инициатором реформирования Сухопутных войск (упразднения Главкомата), что привело к ослаблению позиций
Владимира Семенова, очередного кандидата на пост министра обороны. Позже Семенов «ушел в политику» и увяз в грандиозном скандале вокруг выборов президента в Карачаево-Черкесии. В ходе этой войны Квашнин получил еще одного союзника —
Николая Михайлова, статс-секретаря и заместителя министра обороны, который и сейчас занимает в команде Квашнина видное место.Интересно, что в этот период некоторые источники называли Квашнина креатурой Бориса Березовского, с которым генерал был замечен в ряде поездок на Северный Кавказ.