Со временем, Иванов, благодаря усилиям своих заместителей, смог сосредоточить в Совете безопасности идеологическое управление внутренней и внешней политикой России, разрабатывая концепции и иные стратегические документы. В частности, при нем в начале 2000 года была принята новая Концепция национальной безопасности России.
Параллельно команда Путина создавала альтернативную «регионалам» вертикаль власти —
Федеральные округа.С момента своего появления в мае 2000 года формально Полномочные Представители Президента РФ в Федеральных округах
были причислены к должностным лицам Администрации, и организационно-техническое обеспечение их деятельности было возложено на Главное территориальное управление Президента РФ (тогдашний руководитель ГТУ — Сергей Самойлов). В то же время, полпреды стали членами Совета безопасности РФ и стали вхожи к Президенту напрямую. Такая ситуация порождала постоянные проблемы во взаимоотношениях полномочных представителей и профильных управлений Администрации Президента. Противоречия, по большей части, возникали исключительно из-за претензий Александра Абрамова и Сергея Самойлова командовать полпредами на основании того, что, согласно действующим тогда нормативным актам, полпреды де-юре являлись штатными сотрудниками ГТУ, а значит — прямыми подчиненными Самойлова.
Противостояние полпредов и чиновников Администрации продолжалась в течение 2000 года, и особенно обострилась осенью и зимой, когда, в ходе губернаторских выборов, позиции полпредов по поддержке кандидатов в губернаторы (особенно — Петра Латышева, Георгия Полтавченко и Сергея Кириенко), часто не совпадали с позицией Абрамова, курирующего территориальное управление.
В январе 2001 года в Кремле состоялась встреча полпредов с Президентом, в ходе которой удалось поставить вопрос о реорганизации территориального управления, что предопределило отставку Самойлова и серьезное ослабление его куратора — Абрамова. Однако, по некоторым данным, в процесс включились иные претенденты на расширение полномочий внутри Администрации, также незаинтересованные в усилении полномочных представителей, а именно — курирующий внутреннюю политику
Владислав Сурков. По одной из версий, именно он смог убедить Александра Волошина не допустить упразднения территориального управления, чего добивались полпреды. Тем не менее, в соответствии с указом Президента, в Положение о Полномочных Представителях Президента 30 января 2001 года было внесено дополнение, по которому полпреды были подчинены напрямую руководителю Администрации Президента РФ.В результате, территориальное управление было реорганизовано, часть сотрудников должна была перейти на работу в московские представительства полпредов. Новым главой ГТУ стал человек Суркова — Андрей Попов,
бывший начальник Главного управления внутренней политики. Для «подкрепления» позиций Попова в теруправление перешел и его первый заместитель и профессиональный аппаратчик Бусыгин, курирующий организационные вопросы. Таким образом, Сурков отчасти сменил «завалившего участок» Абрамова, заручившись, при этом, поддержкой Волошина.