Но после того как во время первого крупного обострения обстановки вокруг Бендер в конце марта — начале апреля в Тирасполе и Бендерах разошлись во взглядах на характер дальнейшего противостояния с Молдовой и пути выхода из него, отношение к комбату изменилось. Жители правобережных Бендер гораздо больше тираспольчан боялись перспективы быть «затащенными» в Румынию. Костенко поддержал позицию той части депутатов Бендерского горисполкома и руководителей рабочего комитета, которые лучше понимали уязвимость своего города. Поэтому они настаивали на проведении реальных оборонительных мероприятий и получении твердых гарантий для Бендер в ходе переговоров между Тирасполем и Кишиневом. Их позиция была более решительной. В то же время, приученные своим правобережным положением к осторожности, они не одобряли громких «антифашистских» призывов и сдержанно отнеслись к приглашению на защиту ПМР многочисленных казачьих сотен. Обвинения в фашизме и заезжие казаки более всего раздражали правителей Молдовы. Между руководителями Бендер и Тирасполя начались трения, резко усилившиеся в связи с подписанием двенадцатого апреля протокола о мирном урегулировании обстановки вокруг Бендер. Этот протокол, подписанный согласительными комиссиями Кишинева и Тирасполя, не учитывал интересы города Бендеры. Согласно ему город должен был убрать с окраин посты гвардейцев и рабочих ополченцев, отвести своих защитников в казармы и принять меры к их разоружению. В то же время силы националистической Молдовы на подступах к городу продолжали бесконтрольно усиливаться, а подразделения российской армии в разделительную полосу между конфликтующими сторонами, как того просили в Бендерах ради гарантии безопасности, не вводились. Фактически от апрельского протокола изрядно попахивало подставой. И личный состав Бендерского батальона обратился к населению города и всей Приднестровской Республики с открытым обращением, в котором прямо говорилось, что Бендеры в большой опасности, а подписание согласительного протокола без участия бендерчан было названо актом безответственности и предательства.
Вот тут-то в прежде беззубом уголовном деле возникли претензии к конкретным, неугодным тираспольским руководителям лицам. Принявшего «не ту сторону» комбата решили наказать, и то, что раньше считалось хорошим и полезным, объявили самоуправным и плохим.
В условиях, когда во всем Приднестровье продолжало действовать старое законодательство Молдавской СССР, а реальная жизнь давно шла по неписаным законам военного противостояния, поводов для преследования Костенко долго искать было не нужно. На улицах Бендер возникали перестрелки, в которых, естественно, участвовали бойцы батальона и были пострадавшие. На этих улицах похищали людей и почти обычным делом стал захват заложников (желательно из офицеров противной стороны) для их обмена на похищенных. Когда первого апреля на окраину Бендер ворвался полицейский бронетранспортер, расстрелявший пост милиции и заводской автобус с людьми, Костенко ответил врагу ударами по колонне опоновцев, собиравшихся занять пригородное село Гыска и отряду молдавских волонтеров в селе Варница. Возмездие свершилось.
Все эти действия с точки зрения отставшего от жизни закона можно было назвать самоуправством, разбоем и даже убийством. С апреля по июнь дело всячески раздували, возникли претензии к другим офицерам и бойцам батальона, искали новые поводы обвинить бендерскую гвардию. Приднестровская милиция не проявила интереса к «делу Костенко», и тогда им с возрастающей активностью занялись Приднестровская прокуратура и находящееся в процессе создания министерство государственной безопасности ПМР. Последнее, кстати сказать, формировалось с помощью контрразведки 14-й армии, «с пеленок» переняв неприязнь к бендерскому комбату, которую испытывал генерал Неткачев.
Двадцать четвертого апреля помощником прокурора ПМР Беркуном было подписано постановление «о задержании подозреваемого Костенко Ю.А.». Вот только руки у исполнителей политического заказа пока были коротки. Слишком много людей продолжало верить комбату, считая его последовательным защитником Бендер и всей республики.
Девятого июня был убит заместитель командира Бендерского батальона капитан Сериков, во всем поддерживавший своего командира. У Серикова лучше, чем у других, выходило общаться с органами и прессой. Не случайно большинство материалов в газеты и интервью от имени командования батальона давал именно он. Заместитель оставался сдержанным там, где сам комбат давно вспылил бы, наговорив дерзостей. С его смертью положение Костенко пошатнулось.