В своей физике, биологии, психологии и этике Посидоний стоит на той же самой иерархической позиции, что и в своей теологии. Подобно тому как между человеком и божеством он устанавливает при помощи демонологии целую систему мельчайших переходов, такие же переходы он мыслит и между камнем и человеком (через растения и животных). Последняя мысль была не чужда уже перипатетикам, и общий иерархизм бытия уже был заложен в стоической пневматологии. Однако в обработке Посидония этот иерархизм принимал последовательную и завершенную форму, в которую было вовлечено все бытие целиком, начиная от неорганической природы и кончая божеством, так что все пестрое разнообразие мира получало здесь строгое и систематическое упорядочение.
а) Частью античной физики было учение о душе. Посидоний определял душу, по Диогену Лаэрцию, как "согретый в себе дух" (frg. 139), а по Макробию, как "идею" (frg. 140). Критику концепции души у Посидония дает Плутарх в сочинении, посвященном сотворению души в "Тимее" Платона. По мнению Плутарха, Посидоний недостаточно отдалил душу от материи, представив душу в виде смешения "сущности определенного", то есть телесно-расчлененного, с одной стороны, и умопостигаемого начала - с другой, и определив ее как "идею" <...> того, что повсюду разрозненно, составленную согласно числу, заключающую в себе гармонию". Посидоний обосновывал такое определение души тем, что, поскольку математические предметы находятся между умственными началами и чувственным миром, и душа, в которой есть как вечность умного бытия, так и страдательность чувственного бытия, должна быть некой срединной сущностью. Плутарх же считает, что душа, будучи одновременно и вечноподвижной и неподвижной, и несмешанной с чувственным и сопряженной с телом, не может быть идеей; кроме того, говорит он, бог пользовался идеей как парадигмой для подражания, а душу он сотворил как некое конечное завершение; и, наконец, он указывает, что у Платона сущность души не является числом, а лишь тем, что упорядочено числом (frg. 141 а).
В этом своем весьма ценном рассуждении о душе, по Посидонию, Плутарх несколько ошибается. Дело в том, что сам Плутарх является более последовательным платоником, чем Посидоний, и поэтому душа для него только еще предполагает идею, но сама еще не является идеей. Чтобы стать душой, идея, по Платону и Плутарху, должна перейти в некое становление и стать оформляющим и, в частности, движущим принципом этого становления. Посидоний, однако, весьма далек от такого чистого платонизма. Для него вообще не существует никаких чистых идей, которые не были бы мировым огнем или его эманацией. Но благодаря изложению теории души у Посидония Плутарх по этому самому как раз и сделал свою критику Посидония весьма полезной для нас в историко-философском и историко-эстетическом плане. Да, действительно, душа у Посидония отнюдь не есть чистая идея; и это потому, что Посидоний не просто платоник, но стоический платоник, и никаких чисто платоновских идеи у него действительно нет, а есть только огнедышащие эманации первоогня, одинаково материального и идеального.
Далее, учение Посидония о трех способностях души - вожделении, воле и разуме - засвидетельствовано целым рядом фрагментов (frg 142. 143. 157 и др.). Способности эти являются не "эйдосами", или частями души, а ее "силами" (dynameis, frg. 145). "Силы" эти коренятся в "сердце" (frg. 146). Правда, Тертуллиан, перечисляя различные существовавшие в античной философии системы членения душевных способностей, или частей души, говорит, что Посидоний сперва делит душу на две "части", ведущую (hegemonicon) и разумную (logicon), а затем еще на семнадцать частей. Но кажется, что Тертуллиан заинтерсован здесь в первую очередь в том, чтобы показать огромный разнобой в языческих концепциях души в сравнении с христианским учением (frg. 147).
Посидоний упрекал эпикурейцев (в связи с вопросом о том, являются ли звезды живыми существами) в незнании того обстоятельства, что не тело содержит в себе душу, а душа содержит в себе тело, "подобно тому как клей схватывает и сам себя, и то, что вне его" (frg. 149).
б) Мы уже знаем, что разрешения многих, если не всех, этических проблем Посидоний ожидал от усмотрения природы и причины страстей. Это было, по-видимому, его стойкое и глубокое убеждение (frg. 150 а, 150 b). Посидоний считал страсти и не суждениями разумной части души, и не тем, что следует за этими суждениями, а движениями неразумных способностей души, то есть вожделения и воли (frg. 152), на которые конкретным образом влияет устройство каждого отдельного "телесного смешения" (frg. 153).