Он родился 24.5.1605 в крестьянской семье села Вельдеманова Княгининского уезда Нижегородской области, и назывался Никита, отечеством – Минин. Он был красив лицом, высок ростом, силен телом; многое мог снести, многого требовал и от других. Он рос без матери; мачеха избивала его безжалостно, пыталась отравить его и даже сжечь в печи ([43, с.10]); жизнь ожесточила его с детства, сделала властным и приучила к насилию. 12-летний мальчик убежал из дома в Макарьевский Желтоводский монастырь и послушничал там в ожидании пострижения. Имея неполных 20 лет, он вернулся домой, узнав о близкой смерти отца, и родные уговорили его, схоронив отца, жениться. Он сделался дьячком, затем (в 1625 г.) священником в селе Лыскове, и был уважаем во всей окрестности. Московские купцы, съезжавшиеся на Макарьевскую ярмарку, убедили местную знаменитость – священника Никиту Минина – переехать в Москву; там он несколько лет мирно служил на приходе. Затем внезапно умерли все три его сына; потеряв самое дорогое в мiре, он и его жена увидели в этом Божье благословение на отречение от мiра, и оба в 1630 г. постриглись; он – с именем Никон в Анзерском скиту Соловецкого монастыря. Там, живя под началом прп. Елеазара Анзерского, он прочитал много святоотеческих аскетических сочинений, имел и свой опыт строгого подвижничества, приобрел навык переписки книг, неоднократно имел видения. Елеазар взял его с собой в Москву за царской милостыней на построение «каменного» храма в скиту. Вернувшись с деньгами, Никон поссорился с прп. Елеазаром; по преданию, очень популярному среди старообрядцев, Елеазар видел змия, обернувшегося вокруг шеи Никона.
В 1634 г. Никон покинул скит и поплыл на материк в небольшой лодке с мужиком – помором. В буре они едва не погибли, и спаслись, пристав к Кий-острову в Белом море вблизи устья реки Онеги; на месте их спасения на острове Никон своими руками поставил памятный деревянный крест (в тогдашней России – самое обычное дело). Доплыв после бури до берега, Никон прошел оттуда лесом 120 верст (в том числе 10 дней без пищи – тоже не очень страшно для тогдашнего русского монаха из крестьян; этого нельзя сказать о волках и рыси) до Кожеозерского монастыря Каргопольского уезда и стал тамошним монахом, вложив для этого в монастырь все свое имущество – собственноручно переписанные Полуустав и Канонник. В Кожеозерском монастыре он отшельничал на маленьком островке, и через три года, по смерти игумена, был избран братией на его место. Поставлен во игумена он был в Новгороде в 1643 г., и в 1646 г. по делам монастыря приехал в Москву.
Здесь он сразу так понравился впечатлительному и эмоциональному молодому царю (с которым его познакомил Вонифатьев), что тот оставил его при себе, дав исключительно почетную должность архимандрита Ново-Спасского монастыря – родового монастыря-усыпальницы Романовых – предков царя. Кроме симпатии, царь чтил Никона и как послушника, постриженника, ученика, соподвижника, сомолитвенника и сотрудника прп. Елеазара Анзерского, о котором ему рассказывал его отец – царь Михаил Федорович – , что по его молитвам родился он сам – царевич Алексей. Вероятно, используя такую выгодную ситуацию, Никон скрыл от молодого царя свою ссору с Елеазаром. Он стал самым близким к царю, наряду с духовником Стефаном, духовным лицом, виделся с царем почти ежедневно, по пятницам служил в дворцовой церкви, протежировал ищущих царской милости и стяжал популярность при дворе и среди духовенства, украсив Ново-Спасский монастырь и заведя в нем более строгие порядки. Царь даже поручил ему ведение своей личной канцелярии по вопросам благотворительности и челобитных; он докладывал царю об их недельном поступлении после ежепятничных богослужений, то есть без волокиты. Он подружился со Стефаном, Нероновым, Ртищевым и другими сторонниками обновления и исправления русских церковных порядков; единственный среди них монах, он явно для всех был на пути к высшим иерархическим должностям, для достижения которых было необходимо, по русской традиции, монашество. В 1649 г. он стал митрополитом Великого Новгорода, вероятно, самым молодым за всю его историю; несомненно, не потому, что царь хотел отдалить его от себя, но потому, что он, как помощник, нужен был царю на вершине иерархической лестницы – на патриаршей кафедре – , а последней ступенью этой лестницы должна была стать (как не раз в русской истории бывало до и после Никона) кафедра Новгородская.