Царь Алексей Михайлович дал новому митрополиту особые полномочия: 1) вероятно, доверив ему, которому он доверял, как никому другому, срочно необходимое по тому времени умиротворение Новгорода, кипящего недовольством против власти Москвы; 2) вероятно, по внушению и просьбе самого Никона, считавшего, что власть церковная должна стоять выше власти гражданской, и выговорившего себе возможность осуществить этот принцип (объясняющий весь его фантастический жизненный путь) в своей митрополии. Фактически эти особые полномочия были ни чем иным, как изъятиями (по разным вопросам) Новгородской митрополии из общего порядка «Уложения» 1649 г.
Это «Уложение», ограничившее привилегии церковного суда и свободу управления церковным имуществом, русские епископы восприняли как не заслуженную чем-либо обиду и притеснение. Они были вполне правы с точки зрения глубоко усвоенного русскими византийского канонического права и, действительно, обижены незаслуженно, но их правота, заслуги, обида и каноны неизбежно должны были отступить перед экономическими нуждами молодого крепнущего государства.
Не в характере Никона было молча обижаться; он противопоставил секуляризационной тенденции «Уложения» все свои силы, волю и исключительное, привилегированное (как показано выше) положение.
«Попытка Никона и сочувствовавших ему русских архиереев освободиться из под зависимости светской власти <…> и даже признать духовную власть высшею, чем светская, и – в то же время сохранить за епископами все исторически приобретенные ими от государей права, все те мiрские выгоды и преимущества, какими их наделила та самая мiрская государственная власть, против которой они восстали, – была, очевидно, совершенно несостоятельная затея, по самому своему существу» [9, с.340-341].