На Новгородской кафедре Никон показал себя убежденным охранителем своей паствы от влияния лютеранской шведской пропаганды. Так, «когда, стремясь избежать трений со шведами, русское правительство согласилось на выдачу перебежчиков, он <Никон> категорически воспротивился этому и добился того, что русские выкупили их, уплатив шведам 190 000 золотых в покрытие убытков, сумму колоссальную по тому времени» [25, с. 166]. Нужно пояснить, что шведские перебежчики в огромном большинстве — это православные крестьяне западных районов нынешней Ленинградской области, не желавшие жить под властью лютеранской Швеции, которой эти земли достались после Смутного Времени, и перебежавшие, поэтому, на русскую территорию. И позднее, на кафедре патриаршей, Никон благословил войну со Швецией, убедительно мотивируя это необходимостью вернуть России недавно отнятое у иее православное население.
«Никон, как человек со светлым природным умом, начал говорить проповеди, которые с давних времен уже <в России> не говорились» [113, с. 169]. (Не менее 50 проповедей составил по его поручению Епифаний Славинецкий). Он решительно упразднил в своей митрополии многогласие и так называемое «хомовое» пение (до наших дней сохраняемое старообрядцами-безпоповцами), и ввел единогласное пение «на речь», более внятное и доступное молящимся, и греческий и киевский (на три голоса, то есть на три певческие партии) роспевы. Киевское трехголосье было сенсацией для России и, в частности, для Москвы (привыкшей только к пению унисонному), куда Никон неоднократно, приезжая по вызову царя, привозил своих певчих. (В то время «каждый архиерей являлся в Москву с своим собственным протодиаконом и с своим хором певчих» [9, с. 349]).
Замечательно, что «боголюбцы» — тогда еще друзья новгородского митрополита — , в том числе и будущие вожди старообрядчества, не протестовали тогда против трехголосья и не осуждали его, следовательно, не усмотрели в нем чего-либо предосудительного. Вероятно, привезенные Никоном трехголосные песнопения не содержали, в отличие от более поздних, каких-либо искажений богослужебного текста, в том числе повторений слов во всех трех партиях (как, например: иже иже иже иже иже херувимы…и т. п.), то есть все три голоса пели одновременно «буква в букву» точно по тексту. Позднее они, как и все остальные старообрядческие писатели — полемисты, неоднократно в литературе всех жанров (и в том числе самого высокого — в челобитных на царское имя) упоминали среди всех «богопротивных Никоновых новин» и «искажение пения», имея, вероятно, в виду именно (хотя, возможно, и не только) трехголосье. Позднейшие старообрядцы всех согласий пели и поют только в унисон и, конечно, «буква в букву».
Никон стал, при сопротивлении патриарха Иосифа, поддержке Стефана Вонифатьева с его окружением и покровительстве царя, главным инициатором введения в феврале 1651 г. единогласного богослужения во всей России. Царь с гордостью показывал своего любимца иностранцам, например, Паисию патр. Иерусалимскому, который восхищался Никоном и хвалил его царю, как мудрого советника. В переписке с Никоном царь, являя незаурядные литературный талант и начитанность, именовал его так: «Избранный и крепкостоятельный пастырь, наставник душ и телес, возлюбленный любимец и содружебник, солнце, светящее во всей вселенной, особенный («собинный») друг душевный и телесный»; цит. по [2, с. 136]; или так: «о крепкий воине и страдальче царя небеснаго, о возлюбленный мой любимче и сослужебниче, святый владыко»; цит. по [1, с. 340] — мы не вправе видеть в этих словах коварный расчет и лицемерие; но
Никон — человек вообще удивительно цельный и искренний — искренно взаимно любил царя, что, конечно, не мешало ему рассчитывать использовать эту взаимную привязанность для осуществления своей доминирующей над всей его жизнью идеи — построения теократии. Он посоветовал царю перенести в Московский Успенский собор мощи трех святителей московских — исповедников, неправедно репрессированных предместниками царя — митрополита Филиппа II и патриархов Иова (из Старицы) и Ермогена (из Чудова монастыря). Это было сделано с соответствующей церемонией еще при патр. Иосифе и, конечно, понималось современниками как акт царского покаяния и торжество Церкви. «В этом случае последовали примеру <византийского имп. V в.> Феодосия Младшего, пославшего такую же грамоту по случаю перенесения мощей Иоанна Златоустаго» [6, «Алексей Михайлович»]. Это предприятие соответствовало, конечно общему курсу Никона на централизацию русской Церкви и возвышение и усиление авторитета московского патриарха.