Никон долго не соглашался принять патриаршество; это не было манерничаньем и не было только выполнением требования этикета или традиции, но преследовало далекие и возвышенные цели. Он был убежден, что его долг — совершить великий подвиг освобождения Церкви от власти государства и возвысить Ее над государством, а для этого ему было необходимо получить особые полномочия; принятие патриаршества из рук царя — «собинного» друга — было таким моментом для истребования и получения этих полномочий, который никогда не повторится. (А мы знаем, что подобного момента не было в русской истории ни до патриаршества Никона, ни после). Наконец, после нескольких отказов, Никон, когда царь с духовенством и боярами на коленях и со слезами умоляли его в Успенском соборе принять патриаршество, искренне волнуясь, тоже со слезами, отвечал: «Если вам угодно, чтобы я был патриархом, обещайте в этой соборной церкви <…>, что вы будете содержать евангельские догматы и соблюдать правила свв. Апостол и свв. отец и законы благочестивых царей. Если обещаете слушать и меня, как вашего главнаго архипастыря и отца во всем, что я буду возвещать вам о догматах Божиих и о правилах, если дадите мне устроить Церковь, то я по вашему желанию и прогиению не буду более отрекаться от великаго архиерейства», цит. по [2, с. 137–138]. Такое (как ошибочно считал Никон, решающе важное для всей его дальнейшей жизни и деятельности) обещание царь и Собор дали ему 22.7.1652. Никон, сам всегда старавшийся твердо выполнять свои обещания, ожидал того же и от царя, судя, как все люди, о других по себе; он не понимал и не хотел понимать, что царь в России может все или почти все — в том числе и не хранить своих обещаний. Никон считал это данное ему обещание настолько важным, что «дабы придать ему законную силу, ввел упоминание о царском обете в печатный Служебник 1655 г.» [40, с. 23].) Можно думать, что за его избрание были и его будущие противники — протопопы — основатели старообрядчества, вероятно, сочувствовавшие его теократической программе, и не предвидевшие, какие способы и средства Никон изберет, уже очень скоро, для ее осуществления.
И архимандритом, и митрополитом, и патриархом, и ссыльным экс-патриархом Никон всей душой ненавидел Уложение 1649 г., подписанное им, как и большинством иерархов, поневоле. Позднее он писал: «я постоянно просил царя об этой проклятой книге, чтобы мiряне духовных не судили. Но ничего не получал, кроме уничижения»; цит. по [2, с. 138]. Если бы «Уложение» не было составлено и принято к действию до 1652 г. (то есть, до избрания Никона в патриархи), оно, вероятно, не было бы принято при его патриаршестве, то есть до 1658 г. Факт неуступчивости царя в спорах об Уложении мог бы насторожить Никона по отношению к дальнейшему развитию их дружбы. Однако, уступить ему царь не мог, так как церковный суд, запутанный множеством жалованных и несудимых грамот, и церковное землевладение, пользовавшееся множеством разных привилегий, были неудовлетворительны и, с точки зрения государства, нетерпимы. Вот всего одна характерная деталь, отмеченная Олеарием: «Если богатый человек направляется в монастырь, он берет с собою только часть своего наличнаго имущества, а остальное остается его наследникам, как немного лет тому назад установлено в их новом Соборном уложении. Раньше <то есть до 1649 г.> они забирали с собою в монастырь все свое имущество, вследствие чего большая часть земли попала под власть монастырей и царь в конце концов мог остаться без земли и без крестьян» [42, с. 409].