Отправляясь в поход, «все войско проходило мимо дворца; патриарх Никон кропил его св. водою; <…> Никон произнес речь, призывал на них благословение Божие и всех святых. Трубецкой <главнокомандующий >, с воеводами, поклоняясь патриарху в землю, также отвечал речью <…>, обещал от лица всего войска "слушаться учительных словес государя патриарха"» [113, с. 126].
Отправляясь в апреле 1654 г. в польский поход сам, царь Алексей Михайлович оставил Никона правителем государства; можно представить себе недовольство знатнейших бояр — Рюриковичей и Гедиминовичей — , обязанных являться к нему — сыну простого крестьянина — с докладами. Павел Алеппский писал: «Прежде обыкновенно вельможи входили к патриарху без доклада через привратника; если он знал о посещении вельможи, то спешил к нему навстречу и после ухода провожал его до наружных дверей. Никон же заставляет вельмож долго ждать, пока не позволит войти, и они входят к нему со страхом и трепетом, и, стоя изложив перед ним свои дела, удаляются, тогда как он все сидит на своем месте. <…> Если случалось, что не все министры собирались в совет к тому времени, когда раздавался звон колокольчика, приглашавший их войти в палаты патриарха, то опоздавшим долго приходилось ждать, иногда на сильном холоде, пока патриарх не давал им особаго приказа войти; это мы видели собственными глазами, потому что в отсутствие государя наш господин <то есть патр. Макарий> ежедневно ходил к патриарху осведомляться о здоровье государя и узнавать новости. В этих случаях, пока наш господин оставался у патриарха, министры стояли и дожидались вне патриарших палат. Когда же он позволял им войти, то обращался к иконам и тихо прочитывал "Достойно есть", в то время, как министры кланялись ему в землю все вместе. Затем каждый из них подходил и кланялся патриарху отдельно и получал от него благословение. <…> Министры докладывали ему о текущих делах, и патриарх о всяком деле давал каждому свой ответ и приказывал, как поступить. Сколько мы могли заметить, бояре и сановники не столько боятся своего царя, сколько патриарха, и в некоторых случаях последняго боятся даже гораздо больше»; цит. по [1, с. 343–344]. Под некоторыми постановлениями времен польской войны помечено: «Великий государь святейший патриарх указал быть по боярскому приговору». «Начиная с 1655 года, этот титул неизменно появляется в переписке Алексея со своею семьею, государь никогда не упускает случая сделать комплимент по адресу великого государя, московского патриарха» [89, с. 90]; (курсив [89]). Никон однажды позволил себе говорить длинную проповедь и «почти час держал царя перед собою на ногах со сложенными руками. Этот факт ошеломляюще подействовал на Павла Алеппскаго: один как будто был рабом, а другой его господином» [89, с. 91].
Никон был неспособен к уступкам, даже когда видел растущую неприязнь к себе московских бояр. Считая, что поступает вполне правильно, он приказал силой отобрать из всех частных московских домов иконы латинского письма и выскоблить на них лики святых, или выколоть глаза. В таком виде эти иконы носили по улицам Москвы, громко позоря их бывших хозяев; москвичи были поражены; враги патриарха называли его иконоборцем; этому его делу приписали начавшуюся вскоре (в июле 1654 г.) в Москве и Казани моровую язву, перешедшую затем и в соседние губернии. Слухи, что патриарх — иконоборец, достигли и бывших тогда в Москве иностранцев; они объясняли его уход с кафедры в 1658 г. «тем, что патриарх хотел преобразовать церковь и уничтожить иконы, против которых он и проповедовал открыто, но <…> все сановники были против него» [41, с. 301].