Никон позволил себе (и царь Алексей Михайлович позволил ему) высказаться (в предисловии к служебнику, изданному в 1655 г.) о своем месте в Российском государстве так: Бог даровал России два великих дара — царя и «великаго государя» патриарха; они оба «председательствоваста» на московском соборе 1654 г., по окончании которого они оба повелели собрать в Москву древние книги, для чего послали свои грамоты к царе-градскому патриарху, затем созвали новый собор и т. д. И в заключение: «<…>да возрадуются вси живущий под державою их, <…> яко да под единем их государским повелением вси повсюду православнии народи живу-ще <…>»; цит. по [1, с. 345] и т. п. Обе программы — царская и патриаршая — выражены в этом документе ясно и недвусмысленно: «вси повсюду православнии народи» да объединятся под единым управлением московского царя и московского патриарха. Это столь полное (как, несомненно, казалось Никону, и, вероятно, и царю Алексею Михайловичу — если не считать его коварным обманщиком) единство их целей и действий имело, однако, единственную опору — любовь и доверие к патриарху царя; всему этому оставалось существовать не более трех лет.
Нрав Никона и его враждебность к «Уложению» 1649 г. сделали его врагами большинство московских бояр. Во-первых, естественно, подорвать его фавор и свергнуть иго поставили себе целью ближайшие родственники царя: Стрешневы (по матери), Милославские (по первой жене), в том числе сама царица Марья Ильинишна, старшая сестра Ирина Михайловна (крестная мать царевича Федора Алексеевича), свояк (и бывший воспитатель царя во время его несовершеннолетия) — Борис Иванович Морозов и все Морозовы; Милославские и Морозовы любили прот. Аввакума и покровительствовали ему. Их союзниками были влиятельнейшие бояре: идеолог и автор «Уложения» кн. Никита Иванович Одоевский, кн. Алексей Трубецкой, Ю. Долгоруков, Салтыков, кн. И.А.Воротынский, Репнины. Семен Стрешнев, издеваясь над патриаршим благословением, обучил своего пуделя (по кличке Никон) складывать лапки крест-накрест. («Тишайший» царь Алексей Михайлович не нашел в себе решимости пресечь это собачье кощунство своего дяди по матери). Напротив, почитателями талантов Никона и сторонниками его политики были царевна Татьяна Михайловна и виднейшие западники того времени (их западничество было, конечно, весьма умеренным): Ф.М. Ртищев, А. Матвеев, А.Л. Ордин-Нащокин.
Враги Никона, естественно, стремились, используя его горячность и «неполитичность», поссорить его с царем; постоянно притесняемое и унижаемое им духовенство, дрожащее при воспоминании о Павле Коломенском, мечтало о том же; все московские боголюбцы ожесточились против него из-за реформы книг и обрядов, проводимой им так, как только он и умел действовать — жестоко и бескомпромиссно. Учитывая привязанность массы народа и большинства духовенства к привычным обрядам, реформаторы должны были вооружиться осторожностью, искусной тактикой и — главное — научными знаниями, и семь раз отмерять прежде, чем резать; всего этого и в помине не было, но резали по самому живому месту быстро и решительно, очень быстро и плохо измерив.
После неудачи шведского похода, начатого по совету Никона, царь (которому бояре, конечно, подсказывали, что виновник неудачи — Никон) заметно охладел к нему. Когда в 1653 г. Никон издал «Память» о поклонах и перстосложении, с которой началась реформа, все бывшие его друзья из московского духовенства решительно воспротивились. На соборе 1654 г. Никон осудил И. Неронова, и тот был сослан; в начале 1657 г. бояре добились возвращения его (уже иеромонаха Григория) из ссылки и свидания его с царем. После этого свидания, на котором старец Григорий высказал царю все, что говорили о власти Никона не только в Москве, но и по всей России, и после нескольких незначительных размолвок с патриархом, царь стал избегать встреч с Никоном, избегая (вероятно, по мягкости своего характера — внешней, или, скорее, показной) и решительного разговора с бывшим «собинным» другом. Никон ответил жестами обиды, вероятно, вполне искренней и граничившей с отчаянием; ведь с утратой любви царя к нему рушилось и все дело его жизни — попытка построения теократии в России или во всеправославной империи; он прекрасно понимал это. Вероятно, уже тогда он думал об оставлении патриаршей кафедры — либо чтобы «отрясти прах града, не принявшаго его, от ног своих», либо чтобы постращать царя и вернуть его прежние сентименты; либо имел в виду оба эти варианта одновременно.