Патриарх (несомненно, осведомленный об этой челобитной) отложил свой гнев на несколько месяцев, возможно, по ходатайству стоявшего как бы меж двух сражающихся войск Стефана Вонифатьева, желавшего и угодить царю (и сохранить, тем самым, свое привилегированное положение царского духовника), и видеть друзей живыми. Первой жертвой патриаршего гнева стал протопоп Лонгин Муромский. На него пришла жалоба от Муромского воеводы по старому делу; она появилась столь вовремя, что можно заподозрить, что была найдена в старых и забытых делах архива воеводы в Муроме по специальному заказу царя или патриарха. Фактически в этом старом деле Лонгин был совершенно прав (а воевода выглядел клеветником и дураком), но собор в июле 1653 г. осудил его; Лонгин был арестован. Его пытался защитить Неронов и потребовал дополнительного розыска по его делу, порицая при этом 4.8.1653 весь собор за угодничество и необъективность: «Таковы были соборы на Златоустаго и Стефана Сурожскаго»; цит. по [2, с. 153]. Немедленно Неронов был осужден «за великое безчиние», через несколько дней жестоко избит, лишен права священнослужения и 13.8 сослан (в цепях и прикованный за шею к телеге) в очень трудный для жизни Спасо-Каменный монастырь на острове Кубенского озера под Вологдой. Москвичи провожали лучшего и любимейшего своего пастыря «до реки Клязьмы. Все плакали» [25, с. 173]. Лонгина расстригал 1.9 сам патриарх при великом выходе на литургии; при этом, как писал Аввакум, «Лонгин разжегся ревностию божественнаго огня, порицая Никона, через порог в алтарь в глаза Никону плевал»; цит. по [2, с. 153]. Он был сослан в Муром и там через год умер, вероятно, от невыносимых условий ссылки. Протопоп Даниил Костромской был сослан в Астрахань и там заморен в земляной тюрьме. Царь не разрешил патриарху расстричь Аввакума, и он, сохранив сан, был с женой и детьми сослан в Тобольск. Были арестованы темниковский протопоп Даниил (заключен в Новоспасском монастыре), соловчанин Герасим Фирсов, протопоп Михаил Рогов (составитель Кирилловой Книги), нижегородский протопоп Гавриил (казнен), поп Михаил из Богородичного монастыря в Москве (погиб безвестно); ярославский священник Ермил запрещен в священнослужении и сослан; протопоп Семен Трофимов (друг Неронова) бежал. Священник Лазарь «скрылся у игумена Никанора в монастыре Саввы Сторожевского, но был схвачен и вслед за Аввакумом сослан в Тобольск» [63, ч.2, с. 215]. Было арестовано еще несколько менее известных священников и много мiрян; движение боголюбцев было разгромлено, его оставшиеся на свободе сторонники жили в ожидании ареста, пыток и ссылки. Все арестованные, сосланные и бежавшие противники Никона и «его» (фактически — царских) реформ, окруженные ореолом исповедничества за правую веру, стали агитаторами против этих реформ по всей России.
Убрав самых твердых противников, патр. Никон и царь Алексей Михайлович усилили нажим на нерешительных. Весной 1654 г. царь собрал в своих палатах собор и сам на нем председательствовал. Во вступительной речи Никон открыто и ясно сказал о необходимости полного согласия во всем между Церквями — русской и греческой — как требовали постановления Константинопольского собора 1593 г., которые он тут же и зачитал. И затем перечислил уставные различия, подчеркнув случаи совпадений греческих текстов с русскими рукописными (до-печатными). После этого собору был задан вопрос: «Новым ли нашим печатным книгам следовать, или греческим и славянским старым, кои купно обои согласно един чин и устав показуют?». Вопрос, конечно, не корректный, так как фактически греческие и славянские старые книги далеко не всегда един чин и устав показуют (что убедительно доказано уже в XX в. исследованиями древнейших славянских рукописей), а «наши печатные» в большинстве случаев точно копировали наши же древнейшие рукописные, но никто не возразил, и было решено, что «достойно и праведно исправить противо старых харатейных <то есть пергаменных> и греческих». Следовательно, старых харатейных русских, то есть написанных до XVI в., а греческих — любых. «Замечательно, что <…> Никон <на этом соборе неоднократно> ссылается на славянские книги: древния (старыя) харатейныя, а к греческим книгам не прилагает этих эпитетов» [11, с. 15]. В