Для решения царя Алексея Михайловича без промедления организовать обучение своего духовенства (как настоящего, уже служащего, так и будущего, подрастающего), неуспех прений с королевичем-лютеранином стал «последней каплей». И до этого «от случая к случаю довольно ярко вскрывалась перед руководителями Руси после Смуты недостаточность ее просветительных средств и необходимость перевооружиться не только политически, военно, социально-экономически, но и культурно, духовно, школьно. <…> Вопиющая отсталость Москвы от взволнованного реформацией Запада и даже от гонимого в Польше русского православия состояла в полном отсутствии систематической общей и богословской школы. <…> Самые избранные и умные начетчики Москвы не в силах были разобраться в выдвинутых временем и неизбежных вопросах» [2, с. 106].
При молодом царе обновилось и омолодилось царское окружение, появились и новые идеи и замыслы, которые поддерживал царский духовник – протопоп Благовещенского собора Стефан Вонифатьев. Он и его друг, протопоп Казанского собора на Красной площади Иван Неронов (переведенный в Москву из Нижнего Новгорода в 1647 г. по инициативе Стефана и боярина Ф. М. Ртищева), поддержали (в их совещаниях участвовал и патриарх) мысль молодого царя (вероятно, родившуюся под впечатлением, произведенным на него учеными советниками принца Вальдемара, всем неудачным диспутом вообще и его затянутостью – полтора года! – в частности) вызвать в Москву лучших проповедников-протопопов из провинциальных русских городов. Можно думать, что с другой стороны это был 1-й шаг в осуществлении грандиозной программы всей жизни царя Алексея Михайловича – создать всеправославное царство с центром в Москве; если так, то эта программа, следовательно, уже тогда, в самом начале его царствования, была осознана, или, скорее, лишь интуитивно прочувствована и им, и, что очень важно, его советниками – Ртищевым, Нероновым и Вонифатьевым. Последующими шагами, для совершения которых был необходим этот 1-й, вероятно, должны были стать: 2) вызов в Москву большого количества высококвалифицированных переводчиков с греческого, 3) ускорение и завершение в Москве под наблюдением собравшихся туда лучших духовных лиц России и при помощи переводчиков правки устава богослужения и богослужебных книг, 4) тиражирование выправленных текстов и замена ими (по всей России, начиная с Москвы) старых, невыправленных, 5) единообразие и благочиние богослужения, 6) заведение в Москве школы и 7) распространение всего этого (через школу) на провинцию. Царь Алексей Михайлович, чувствуя необходимость Москве учиться, сделал 1-ю попытку найти хороших учителей – своих же великороссов – протопопов; несогласия с ними заставят впоследствии его же совершить 2-ю – учиться у малороссов, 3-ю – у греков, а затем его разочаровавшегося в православном духовенстве сына – 4-ю – у немцев. Собирание в Москве лучших духовных сил России было, с третьей стороны, продолжением деятельности Неронова по обновлению и улучшению приходской жизни и богослужения. Эту деятельность он самоотверженно вел уже давно, и, вероятно, это собирание было им и Стефаном подсказано царю. С другой стороны, самые ревностные и тщательные в богослужении провинциальные священники, вероятно, испытывали в своих городах немало огорчений от нерадивой и неблагоговейной паствы, а иногда и от местных властей (достоверно это известно о прот. Аввакуме из его «Жития»). Вероятно, они были рады перебраться, по указу благочестивого царя, в благочестивую Москву.