Расшифрованная жизнь

Грейнджер, наивный, полагал, что к тому времени уже давно наступил прочный мир. В июне 2001 года, вскоре после праздника в Белом доме и задолго до появления статьи в PNAS, биологи-программисты из Celera и Международного консорциума по геному человека встретились по инициативе президента Клинтона на нейтральной территории (Медицинский институт имени Ховарда Хью в Чеви-Чейз, штат Мэриленд) для обсуждения стратегий секвенирования и сборки. Как отметила газета The New York Times, «встреча биологов-программистов, на которой отсутствовали руководители лабораторий, проходила в сердечной атмосфере»{214}. В своем выступлении Грейнджер рассказал о том, как сотрудникам Celera удалось осуществить сборку генома человека без какого бы то ни было использования общедоступных данных, причем с лучшими результатами. Неудивительно, что последовавшие за этим нападки привели его в такой гнев: выводы статьи в PNAS были уже опровергнуты за год до этого в Чеви-Чейз, где «мы представили ряд весьма убедительных данных о преимуществах сборки полного генома методом дробовика». К тому моменту на нашей стороне выступило уже немало заметных фигур из государственного консорциума. Одним из них был Джим Кент из Калифорнийского университета в Санта-Круз, бородатый здоровяк, считавшийся одним из наиболее выдающихся ученых. Еще будучи аспирантом, он сумел в одиночку написать программу для государственного проекта GigAssembler, с помощь которой 100 компьютеров на процессорах «Пентиум III» завершили сборку генома за четыре недели, то есть в срок для презентации в Белом доме{215}. Это достижение произвело на меня глубокое впечатление. Кент не согласился с выводами статьи PNAS, поскольку на основании расхождений между «государственными» и нашими данными понимал (еще до того, как мы завершили сборку генома мыши), «что реконструкция общедоступных данных, предположение о которой выдвигают Ландерс и др. в PNAS, не может быть полной правдой»{216}. Он заключал: «Думаю, Celera справилась со сборкой генома лучше, чем мы» и добавлял далее, что ландеровская программа сборки «Арахна» подозрительно близка к нашей, а это является «еще одним доказательством того, что методы Celera, несмотря на определенные ограничения, в основном весьма эффективны».

Вспомним, что перейдя от расшифровки генома человека к сборке генома мыши, мы вообще игнорировали данные государственной программы в GenBank, а пользовались только собственной информацией, полученной методом дробовика. С помощью усовершенствованной программы сборки мы получили более качественные результаты, чем в случае генома человека. Ари Патринос, входивший тогда в группу пяти компаний, перечитал статью Ландера в PNAS и констатировал, что «откровенно говоря, она производит грустное впечатление. Метод прекрасно работал, что и было доказано его применением для расшифровки мышиного генома». Даже мой старинный недруг Майкл Морган признал, что «плевать против ветра следует с большой осторожностью. Все эти статьи тем или иным образом навредили их авторам». После публикации нашего второго опровержения мне стало ясно, что единственный способ победить в научном споре – это использовать реальные данные{217}. Я связался с Майком Ханкапиллером из ABI. Также расстроенный выступлениями наших конкурпентов, он был готов к бою за истину. Помня о всех наших конфликтах с Applera и Тони Уайтом по вопросу о публикации данных, я добавил к нашему договору о покупке новых секвенаторов ДНК у ABI юридически обоснованное соглашение, предоставлявшее нам неограниченное право публиковать свои данные (полученные Celera), в том числе на общедоступных сайтах. (В 2005 году Celera прекратила продажу информации о геноме и стала размещать ее в открытом доступе.) Кроме того, по данному соглашению мой институт получал полный комплект данных о геноме человека для использования в научных целях. После подписания соглашения мы провели обширную совместную работу с учеными, оставшимися в Celera, с целью сравнить сборку полного генома этой компанией с другими версиями, включая «окончательный» результат государственной программы.