Расшифрованная жизнь

Это сотрудничество возглавил Сорин Истраил, один из ведущих сотрудников группы Джина Майерса, который к тому времени получил должность заведующего отделом биоинформатики в Celera. Проведение анализа заняло больше года и потребовало разработки множества новых вычислительных методов, которые позволили бы впервые сравнить полные геномы человека. Я поделился своими планами с одним из редакторов PNAS, который выразил удовлетворение нашим переходом к политике открытой публикации данных и заявил, что готов помочь в разрешении спора, опубликовав результаты совместного проекта в виде статьи. Наши данные однозначно доказывали точность полной сборки генома методом дробовика. Эта работа, опубликованная в начале 2004 года, позволила тщательно сравнить геномы, расшифрованные нами и участниками государственной программы. Результаты Celera отличались большей упорядоченностью и ориентированностью, а сборка государственного консорциума полнее охватывала повторы. Лаборатории, получавшие средства от государства и Wellcome Trust, вели работу над уточнением своей версии генома в течение четырех лет, что обошлось примерно в 100 миллионов долларов. Сравнительный анализ показал, что на каждом этапе этих исследований «государственная» версия становилась все ближе к версии Celera в плане как последовательности, так и ориентации фрагментов. Расшифровка Celera, в сущности, ликвидировала многочисленные пробелы в «окончательном» геноме, о получении которого участники государственной программы с большой помпой объявили в журнале Nature в 2004 году{218}. Мы же опубликовали свою статью без всяких заявлений для прессы, считая, что полученные данные говорят сами за себя{219}.

Когда открытая вражда пошла на убыль, я стал готовиться к новой фазе исследований генома человека. Итак, коллектив TCAG (после слияния трех из пяти некоммерческих институтов получивший название Института Вентера) приступил к секвенированию и анализу индивидуального генома. Объектом исследования стал я сам, причем не из тщеславия или эгоизма, а по научным причинам. В первых композитных версиях генома, в том числе и полученных Celera, катастрофически недооценивалась его вариативность от одного носителя к другому. «Государственный» геном был собран на основе разрозненных кусочков (клонов), полученных от ограниченного числа лиц, так что генетические вариации в нем были незаметны. Геном Celera представлял собой согласованную последовательность, построенную на основе геномов пяти человек, включая меня самого. Мы пользовались принципом «победителю достается все»: наш расшифрованный геном состоял из участков, которые встречались у большинства доноров. При подобном подходе также терялись вариации, вызванные инделами (полиморфизм за счет инсерций и делеций), то есть участками генетического кода, где изменено более одного нуклеотида. Наша программа сборки замечала существенные инсерции или делеции ДНК лишь в том случае, если они встречались в большинстве последовательностей. Иными словами, обе сборки генома, о которых было с большим шумом объявлено в июне 2000 года, никак не отвечали на вопрос, являвшийся одной из главных причин их расшифровки. В смеси или мозаике ДНК, полученной от разных людей, теряются индивидуальные различия, вызывающие у некоторых лиц предрасположенность к онкологическим, сердечно-сосудистым или другим заболеваниям (хотя, разумеется, делались попытки картировать и снипы, вариации одного нуклеотида). Кроме того, первые работы по расшифровке генома касались лишь одной копии генетического кода конкретного человека, в то время как мы наследуем две таких копии, по одной от каждого родителя. На некоторых участках доминантен ген отца, на других – матери. Для точной расшифровки человеческого генома следовало изучить не три, а шесть миллиардов пар оснований.

По понятным причинам мы с Хэмом никогда не объявляли публично, что входили в число доноров ДНК для первого секвенирования, однако и не скрывали этого. Рассказывая о соревновании по расшифровке генома, телепрограмма «60 минут» сообщила о моем донорстве, однако история с моим геномом заинтересовала публику позднее, после интервью с Николасом Уэйдом из The New York Times о моих новых институтах. Наша беседа не казалась мне особо примечательной, пока в следующую субботу я не получил номер газеты с заголовком на первой полосе: «Ученый раскрывает тайну: расшифрованный геном принадлежит ему самому»{220}. Заголовок не отличался точностью, однако подтверждал старую истину: любое событие становится событием, только когда о нем напишут в The New York Times.