Именно поэтому, когда в 1905 году редактор самого популярного в России фотографического журнала Андриан Михайлович Лавров решил искать себе преемника, выбор его пал на Прокудина-Горского. Эрудиция, отличное знание предмета, организаторские способности – все это говорило в его пользу. Отдавая предпочтение выбранной кандидатуре, старый редактор писал на страницах журнала «Фотограф-любитель»: «Сергей Михайлович Прокудин-Горский не самоучка. Он великолепный специалист своего дела, ученый-химик, его работами не раз восторгалась публика Москвы и Петербурга… мы оставляем перо редактора в верных и опытных руках, будучи уверенным, что наши читатели не потеряют того интереса к журналу и связи с ним».
Четыре года руководил Сергей Михайлович этим изданием. За это время значительно выросла популярность журнала, увеличилось число его подписчиков. Заслуга в этом во многом принадлежит Прокудину-Горскому, который практически в каждом номере выступал с редакционной статьей, где поднимались проблемы, волнующие русских фотографов. По его настоянию журнал становится трибуной передового опыта в отечественной фототехнике. Если другие подобные издания в основном занимались перепечаткой статей из западных источников, то «Фотограф-любитель» взял курс на пропаганду собственных достижений в этой области. В одной из передовых статей (1907, № 5) он писал: «Главнейшая моя задача – это выдвинуть наших работников на поприще фотографии и фототехники. Задачу эту я преследую самым упорным образом и буду преследовать, пока хватит сил».
Это было непростое дело. Нужно было переломить психологию читателей, считавших, что свежую информацию можно почерпнуть только лишь из журналов, выходивших за рубежом. Новый редактор искал в России и новых интересных авторов. Практически каждый номер приносил своим подписчикам две-три оригинальные статьи, в которых русские фотографы рассказывали о последних разработках в области техники. Прокудин-Горский сам активно включился в эту работу. В нескольких номерах журнала он публикует собственное пособие по цветной фотографии. Это было первое отечественное руководство в этой области.
Зимой 1906 года Прокудин-Годский отправляется в Туркестан, где ему предстояло сделать несколько снимков солнечного затмения. Там он пишет редакционную статью, которая будет опубликована в февральской книжке журнала за 1907 год. В ней, разбирая особенности применения фотографии в астрономии, он призывает читателей журнала включиться в разработку приспособлений и приборов для астрофотографии, учитывая, что в 1914 году предстоит наблюдать еще одно затмение. «Мы за это время должны вполне подготовиться к работе, и если чего нет – надо создать, выдумать. Нас слишком много, чтобы сказать, что это невозможно. Пусть хотя бы 10 % работающих, – пишет он, – сделают маленький вклад в это дело, не откладывая времени, и помещают свои работы и мысли в литературе, и тогда, я вполне уверен, успех будет полный. Наша фотографическая техника стоит так высоко в настоящее время, надо только уметь ставить эти задачи».
Много внимания уделял журнал и вопросам фотоискусства. Сергей Михайлович был сторонником прямой, реалистической фотографии и справедливо, как показало время, критиковал тех, кто, подражая традиционным изобразительным искусствам, старался различными механическими или химическими способами разрушить документальность изображения. Четко чувствуя природу фотоискусства, он видел его особенность прежде всего в способности постигнуть необычное, оригинальное и уметь зафиксировать свои зрительные впечатления документально точно. В 1906 году под впечатлением нескольких западных выставок Прокудин-Горский пишет резкую статью против так называемого фотографического импрессионизма, который на деле оказывался, как замечает Сергей Михайлович, «лишь пародией на него». И действительно, особенно в печати, эти снимки создавали впечатление каких-то неряшливых пятен. Излишняя нерезкость крайне затрудняла их восприятие зрителями.
На страницах журнала публиковались лучшие образцы фотоискусства тех лет, причем редактор очень следил за качеством их воспроизведения. Среди публикаций были и цветные снимки, сделанные самим Сергеем Михайловичем.
Из этих снимков наиболее известен современному читателю цветной портрет Льва Николаевича Толстого, опубликованный в сентябрьском номере журнала за 1908 год. Портрет этот впоследствии был издан большим тиражом в виде фотокартины. Ее и сегодня иногда можно встретить на прилавках букинистических магазинов. Интересна история создания этого портрета, стоящего особняком в обширной иконографии великого писателя.
Редактируя журнал, Прокудин-Горский не оставлял работу в своей «фотомеханической мастерской» на Большой Подьяческой улице, где помимо работ по иллюстрации всевозможных книг и журналов выполнял и частные заказы. Однажды среди них он обнаружил неудачную любительскую фотографию Льва Толстого. Это послужило толчком для поездки в Ясную Поляну. В начале 1908 года он пишет великому писателю: