Основные принципы репрессий против сотрудничавших с нацистскими оккупационными властями коллаборационистов были определены приказом НКВД СССР № 001683 от 12 декабря 1941 г., дополненным указаниями НКВД СССР от 18 февраля 1942 г. Согласно этим нормативным документам, аресту и впоследствии суду подвергались все сотрудники административных органов и созданных оккупантами вооруженных формирований; граждане, чье сотрудничество с оккупантами было незначительным, брались под наблюдение, однако не репрессировались.
С течением времени подход к наказанию коллаборационистов становился все более дифференцированным. 19 апреля 1943 г. Президиум Верховного Совета СССР принял указ, предусматривавший ужесточение наказания для нацистов и местных коллаборационистов за участие в убийствах и истязаниях советских военнопленных и гражданского населения. В указе проводилось различие между изменниками родины и пособниками врага. Уличенных в преступлениях против мирного населения и военнопленных изменников родины, также как и преступников-нацистов, ждала смертная казнь через повешение. Пособников врага, уличенных в оказании содействия в совершении расправ и насилий над гражданским населением и пленными красноармейцами, ждала ссылка на каторжные работы на срок от 15 до 20 лет.
Ужесточив наказание для тех, кто был непосредственно замешан в уничтожении мирного населения и военнопленных, советское руководство одновременно начало смягчать наказание для тех коллаборационистов, кто в подобных преступлениях замешан не был. 11 сентября 1943 г. была издана совместная директива НКВД и НКГБ СССР № 494/94, ознаменовавшая новый подход к репрессиям против коллаборационистов. Согласно этой директиве аресту подлежали офицеры коллаборационистских формирований, те из рядовых, кто участвовал в карательных операциях против мирного населения, перебежчики из Красной Армии, бургомистры, крупные чиновники, агенты гестапо и абвера, а также те из сельских старост, кто сотрудничал с немецкой контрразведкой. Всех прочих коллаборационистов призывного возраста направляли в проверочно-фильтрационные лагеря, где проверяли на тех же условиях, что и вышедших из окружения бойцов Красной Армии и военнопленных. Коллаборационисты же непризывного возраста, согласно директиве от 11 сентября 1943 г., освобождались — хоть и оставаясь под наблюдением органов НКГБ.
Одновременно с применением строго дифференцированного подхода к коллаборационистам, осуждавшимся в индивидуальном порядке, советская власть осенью 1943 г. приступила к подготовке и проведению т. н. депортаций «возмездия» против целых народов (карачаевцев, калмыков, чеченцев, ингушей, балкарцев, крымских татар). По всей видимости, решение о депортации народа в Кремле принимали тогда, когда, во-первых, были уверены (обоснованно или необоснованно) в наличии среди представителей этого народа значительного числа коллаборационистов, повстанцев и дезертиров, и, во-вторых, когда из-за традиционной структуры общества не имели возможности покарать преступников в индивидуальном порядке. Тот факт, что начало подготовки депортаций «возмездия» по времени совпадает с выходом директивы № 494/94, подтверждает наше предположение. В Кремле одновременно определили порядок индивидуального наказания для коллаборационистов и приступили к подготовке депортации тех, кого в индивидуальном порядке наказать не могли.
После Победы советское руководство столкнулось с новым аспектом проблемы коллаборационистов. На территории бывшего Рейха находились миллионы советских граждан. Большинство из них были вывезены из СССР насильно: остарбайтеры, заключенные концлагерей, военнопленные. Но были и те, кто ушел с немецкими войсками добровольно, опасаясь возмездия за сотрудничество с врагом. Были и те, кто служил в созданных нацистами «национальных легионах», дивизиях войск СС и «Русской Освободительной армии».
Решение было принято достаточно простое. Репатриированные коллаборационисты направлялись в проверочно-фильтрационные лагеря, где проверялись на предмет совершения военных преступлений. Документы свидетельствуют, что подавляющее большинство коллаборационистов эту проверку проходили успешно.
Окончательная судьба репатриантов-коллаборационистов была определена постановлениями ГКО № 9871с от 18 августа 1945 г., СНК СССР от 21 декабря 1945 г. и Совета Министров СССР от 29 марта 1946 г. Согласно этим постановлениям из проверочно-фильтрационных лагерей эти люди были направлены на шестилетнее спецпоселение. Как и в случае с депортациями народов 1943–1944 гг., советское руководство в данном случае отказалось от принципов индивидуального наказания, предпочтя в целом более мягкое коллективное наказание.