Поэтому Мехмеду не нужно было напрасно тратить время при назначении нового патриарха греческой церкви. Последний обладатель патриаршего трона бежал в 1451 году в Италию и, таким образом, считался отрекшимся. Выбор султана пал на монаха Геннадия, иначе Георгия Схолария, ученого с достаточно известным именем. Геннадий возглавлял оппозицию греков союзу между греческой и римской церквями: монах Геннадий и его сподвижники, конечно же, не могли простить западным христианам того, что те не оказали помощи при защите Константинополя. Когда Мехмед остановил свой выбор на Геннадии, он не знал, что во время захвата города монах был взят из его монашеской кельи в качестве пленника и его приобрел в качестве раба богатый турок, на которого произвела впечатление его ученость. Выкупленный у своего покупателя, монах Геннадий был доставлен пред очи Завоевателя, который отнесся к нему с большим почтением, убедил принять патриарший престол, а также обсудил с ним условия устава, по которому надлежало жить общине православных христиан. Согласно уставу грекам предоставлялись такие гарантии, которые давали им относительно свободно вести их собственные дела, как религиозные, так и гражданские, без вмешательства и без угрозы преследования. Назначение Геннадия патриархом было узаконено Священным Синодом по рекомендации султана.
В январе 1454 года Геннадий был введен в сан патриарха греческой церкви под покровительством султана, взявшего на себя функции византийских императоров и выполнившего большую часть из их традиционного церемониала. Султан лично преподнес Геннадию атрибуты, отличающие его сан, – мантии, пасторские принадлежности и новый позолоченный нагрудный крест из серебра взамен исчезнувшего старого. Затем Мехмед благословил Геннадия словами: «Будь патриархом со счастливой судьбой и будь уверен в нашей дружбе, сохраняя все привилегии, которые имели все патриархи до тебя». Патриарх Геннадий получил полную власть над Восточно-Римской (Византийской) общиной и церемониальный ранг паши с тремя бунчуками, сохраняя свой собственный гражданский суд и свою собственную тюрьму в греческом квартале Фанар. Последующая церемония его посвящения в сан была проведена, поскольку церковь Святой Софии была превращена в мечеть, в церкви Святых Апостолов, защищенной специально по приказу Мехмеда от разрушения с целью использовать ее как церковь патриарха. После получения от султана щедрого дара в виде золота новый патриарх во главе процессии объехал город на великолепном белом коне, также подарке султана, а затем занял свою резиденцию в церкви Святых Апостолов.
Церковь Святых Апостолов была одной из нескольких христианских церквей, в которой даже после завоевания продолжались христианские богослужения, в то время как другие храмы были превращены в мечети. Между тем в качестве мечети церковь Святой Софии сохранила свое название: в исламской форме как большая мечеть Айя София, но крест, венчающий ее купол, был заменен полумесяцем – традиционной эмблемой турок, восходящей к их ранней истории, к которой позднее была присоединена звезда. Завоеватель с самого начала относился к храму Святой Софии, к которой он пристроил минарет, с почтением, сохранив ее фигурную мозаику наперекор запрету ислама на любое изображение человека в искусстве.
Таким лояльным отношением Мехмед хотел заставить нового патриарха смотреть на султана как на благодетеля и защитника греко-православной церкви. Полученная власть и престиж нынешнего патриарха были большими, чем у любого из его предшественников времен поздней Византии, придавая ему почти что статус «папы греческого» и вполне оправдывая лозунги, ходившие в то время, такие, как «Лучше турки, чем латиняне!». Мехмед установил с Геннадием тесные отношения, ведя с ним дружеские беседы на богословские темы, а также постоянно проявляя стремление пополнить знания, подчеркивая свой интерес к христианской религии. По просьбе султана Геннадий написал изложение истории православной веры, которое было переведено на турецкий язык.
Это породило в религиозных кругах Запада надежды на то, что султан может оказаться потенциальным новообращенцем в христианство. После падения Константинополя известный итальянский грекофил Франческо Филельфо написал Завоевателю письмо, в котором умолял освободить его тещу, итальянку, вдову греческого философа, плененную при нападении на город. Он адресовал ему самые изысканные комплименты и выражал свое пылкое желание, чтобы тот перешел в христианскую веру. Утверждают, что папа Николай V молился за обращение в христианскую веру султана после соответствующего обучения, имея в виду обмен письмами, в которых Мехмед намекал на такую возможность.