Разложение центрального аппарата власти, подпавшего с конца сентября 1610 г. под полный контроль польских ставленников, способствовало активизации местного земского и губного управления, игравшего все более важную роль в организации военного отпора интервентам. Роль земского самоуправления начала изменяться в 1606 г., во время восстания И. И. Болотникова, вызвавшего заметное оживление деятельности различных сословных групп на территории, охваченной антиправительственным повстанческим движением. Болотниковцы широко использовали в своей борьбе авторитет сословного и земского представительства. Именно в это время на местах начинают складываться всесословные органы местного управления — городовые и уездные советы. Необходимо отметить, что подчинялись на первых порах они исключительно военным руководителям восстания и прежде всего «большому воеводе царя Димитрия» Ивану Болотникову. Лишь позднее, в ноябре 1606 г. с приходом в Путивль отряда «царевича Петра Федоровича» в повстанческом лагере складываются органы власти, аналогичные правительственным. Р. Г. Скрынников, первым обративший внимание на это обстоятельство, связал его с отсутствием в болотниковской рати носителя титула царя или царевича, олицетворявшего в силу вековых русских традиций верховную власть в стране. С появлением в Путивле Лжепетра и его казачьего войска ситуация радикально изменилась, несмотря на явное самозванство этого «царевича». При нем создаются Боярская дума и Двор — необходимые политические институты того времени. Главой Боярской думы в Путивле, а затем и в Туле, становится боярин князь Андрей Андреевич Телятевский. О существовании при дворе «царевича Петра Федоровича» некоего подобия московской приказной администрации известно по документам более позднего времени. В 1613 г. во главе вновь созданного на Москве Казачьего приказа (Казачьего разряда) наряду с дворянином И. А. Колтовским, был поставлен дьяк Матвей Сомов, в назначении которого именно на эту должность сыграла его служба в 1607 г. у «царевича Петра». Несмотря на быстрое складывание в Путивле традиционной для Московского государства системы управления подконтрольной территорией, реальная власть в повстанческом войске оставалась в руках казачьей старшины и казачьего круга, а все важные решения принимались в повстанческом лагере на общем войсковом сходе. Таким именно образом решилась, в конце концов и судьба самого восстания — осажденные в Туле болотниковцы сдались правительственным войскам после решения войскового круга прекратить сопротивление и сложить оружие.
С земской (выборной) организацией было тесно связано повстанческое движение и в других местностях Русского государства. По сообщению Лобковского хронографа, осадившими Нижний Новгород в 1606 г. «ворами» начальствовали «за воеводы место Ивашко Борисов Доможиров нижегородец, да с ним выбраны два мордвина Варгадин да Москов».
В условиях развязанной Польшей и Литвой интервенции органы местного самоуправления еще больше упрочили свое положение. Общая задача освобождения страны укрепляла выявившуюся к 1611 г. тенденцию воссоединения земель, обособившихся во время Смуты. Земское освободительное движение зародилось и получило распространение на севере страны в 1608–1609 гг. Оно проявилось в отпоре наводнившим страну отрядам самого одиозного из самозванцев — Лжедмитрия II, ставшего марионеткой возглавлявших его войско литовских магнатов и в массовой поддержке населением освободительной рати двигавшегося к Москве князя М. В. Скопина-Шуйского.