С началом открытой польско-литовской интервенции часть служивших самозванцу шляхтичей ушла в королевский лагерь под Смоленск. Оставшиеся требовали от Лжедмитрия II обещанного им жалованья и держали его под строгим надзором. С трудом ускользнув от их караулов тушинский «царь» 27 декабря 1609 г., переодевшись в крестьянское платье, в навозных санях бежал в Калугу. Лишившись «вождя» подмосковный стан рассыпался. Воспользовавшись трудным положение врага, Скопин удвоил усилия и 12 марта 1610 г. вступил в Москву, восторженно встреченный ее жителями.
Ликвидировав тушинскую угрозу, Скопин-Шуйский стал готовить поход к осажденному поляками Смоленску. Однако 23 апреля 1610 г. молодой воевода неожиданно умер. Смерть его имела для страны катастрофические последствия. Рать, двинувшуюся на Смоленск, возглавил самый неудачливый из всех русских воевода — князь Дмитрий Иванович Шуйский. По польским данным, под его командованием находилось более 40 тыс. русских воинов и 8 тыс. наемников из вспомогательного шведского корпуса Я. Делагарди (по свидетельству Й. Будило, у русских под Клушино было 16 тыс., у шведского генерала — 7 тыс. человек; Н. Мархоцкий считает, что под общим командованием Д. И. Шуйского находилось 6–7 тыс. немцев и 20 тыс. «москвитян»). 24 июня 1610 г. у деревни Клушино, в 19 верстах от Гжатска, войска Шуйского были атакованы армией гетмана Станислава Жолкевского. В 5-часовом сражении сравнительно немногочисленная, почти не имеющая артиллерии, польская армия (11,5 тыс. кавалерии, 1 тыс. пехотинцев, 2 фальконета) разгромила численно превосходившее ее русско-шведское войско Д. И. Шуйского и Я. Делагарди. Одной из главных причин поражения стали фатальные ошибки русского командующего, расположившего пехотные части за полками дворянской конницы, но без прикрытия полевыми укреплениями. Свою роль сыграла и неожиданность польской атаки — Шуйский не успел подтянуть к месту начавшегося сражения имеющиеся у него 18 орудий. Однако, вопреки ожиданиям Жолкевского, первые удары польской гусарии не достигли своей цели. Только после 10 кавалерийских атак поляки прорвали линию русских войск. Опрокинутая противником московская кавалерия обратилась в бегство и потоптала свою пехоту. Сражение было окончательно проиграно после измены части наемников (французских и немецких полков) из состава шведского вспомогательного корпуса Я. Делагарди. В плен к полякам попали воевода В. И. Бутурлин и дьяк Яков Демидов. В числе павших был воевода Яков Барятинский.
Узнав о поражении главной армии, блокированная в Царевом Займище еще до Клушинской битвы другая часть русского войска (отряды Ф. А. Елецкого и Г. Л. Валуева, насчитывающие 8 тыс. человек) сложила оружие, перейдя на сторону поляков.
После Клушинского поражения Делагарди с небольшим отрядом (400 человек) ушел к Погорелому Городищу, а затем дальше на север. Там, получив подкрепление, он начал захват русских территорий, постепенно приближаясь к Новгороду. Шведский генерал действовал в полном соответствии с инструкцией, данной ему 30 июня 1609 г. Карлом IX. В этом документе король сообщал Делагарди, что в случае, если поляки станут одерживать победы «в войне с русскими, то ему надо всего ревностнее стараться об удержании Новгорода в своей власти — приятно ли то русским или нет». Овладев приграничной крепостью Ладогой (вскоре занявший город полковник Пьер Делавилль был выбит оттуда отрядом И. М. Салтыкова) и осадив Корелу (крепость была захвачена Ларсом Андерссоном 2 марта 1611 г.) и Орешек, войско Делагарди в начале июня 1611 г. подошло к Новгороду (со стороны Хутынского монастыря). Город был не готов к осаде. Произведенный воеводами осмотр городских укреплений показал их полную негодность. Во многих местах из-за отсутствия лестниц защитники не имели возможности взойти на крепостную стену. В этих условиях находившийся в городе многочисленный гарнизон (в Новгороде тогда было не менее 2 тыс. служилых людей) не смог бы оборонять крепость в случае неожиданной атаки противника. Немедленно были начаты ремонтные работы, благодаря которым положение частично удалось исправить и первый шведский приступ, произошедший 8 июля, был отбит. Только 16 июля 1611 г., с помощью изменника — Ивашки Шваля, дворового человека Ивана Лутохина, колонны штурмующих сумели через Чудинцевы ворота ворваться в Новгород.