Ополченские власти предприняли попытку наладить работу органов местного управления. Во время «Ярославского стояния» земского войска были назначены воеводы в Устюжну, Белоозеро, Владимир, Касимов, Клин, Тверь, Кострому, Ростов, Суздаль, Переяславль, Тобольск и другие города Московского государства. Они должны были, помимо прочего, привести в порядок расстроенную в предшествующие годы военную организацию государства. С целью восстановления финансовой системы в это же время, по распоряжению ярославского правительства, местная администрация провела новые дозоры и составлены новые платежные книги. Власти Нижегородского ополчения возобновили начатые еще П. П. Ляпуновым переговоры о призвании на российский престол брата шведского короля принца Карла-Филиппа, признанного в те годы государем в оккупированной шведами Новгородской земле, но так и не прибывшего туда. В июльских грамотах (отписках) руководителей Второго ополчения в Новгород указывалось достаточно категорично: «… и мы того приговору (приговора «Совета всей земли» Первого ополчения об избрании шведского принца на российский престол. —
В самом Ярославле, действуя через местную Земскую избу, власти ополчения обложили население города чрезвычайным налогом, подобным собранному в Нижнем Новгороде и ряде других поволжских городов, собирали продовольствие, фураж и другие припасы, необходимые для насущных нужд земской рати. В примкнувших к движению уездах формировались и обучались новые отряды и местные ополчения.
Вражда и соперничество двух ополчений и двух правительственных центров особенно обострилась весной — летом 1612 г. Стремясь максимально расширить территорию, подконтрольную ярославскому «Совету всей земли», правительство Пожарского и Минина сделало ставку на военный разгром действовавших в Замосковье отрядов Первого ополчения, на скорейшее вытеснение их из этого района. Сужение сферы влияния подмосковного правительства, тревожившие подмосковные «таборы» известия об антиказачьих настроениях руководителей нового, формировавшегося тогда в Нижнем Новгороде ополчения, реальная угроза прорыва блокады Москвы поляками, а затем и тяжелые поражения, нанесенные ярославскими ратями казачьим отрядам Просовецкого и Толстого в Верхнем Поволжье и Замосковье вызвали серьезный социально-политический кризис в той части освободительного движения, которую возглавляли Д. Т. Трубецкой и И. М. Заруцкий. Воспользовавшись благоприятным моментом, в «таборах» под Москвой активизировали свою деятельность сторонники объявившегося 23 марта 1611 г. в Ивангороде, а затем принятого псковичами нового самозванца — Лжедмитрия III. Во главе заговорщиков встали И. В. Плещеев, князь Г. П. Шаховской и И. В. Засекин. 2 марта 1612 г. они организовали в подмосковном стане присягу псковскому самозванцу, принудив вождей ополчения согласиться с решением казачьего круга. Следствием произошедших в начале марта 1612 г. перемен явилось крайнее размежевание сил, как в самих «таборах», так и в стране. Многие служилые люди и даже казаки покинули ополчение, часть из них ушла в Ярославль.
Перспектива подчинения подмосковного ополченского правительства воцарившемуся в далеком Пскове новому самозванному государю не устраивала его главных «начальников». Присягой Лжедмитрию III остались недовольными сторонники не только Д. Т. Трубецкого, но и И. М. Заруцкого. Честолюбивые планы последнего были связаны с другим претендентом на вакантный российский престол — Иваном Дмитриевичем, годовалым сыном Лжедмитрия II и Марины Мнишек. Оба соправителя, втайне друг от друга, занялись организацией выступления против псковского самозванца. Князь Трубецкой, воспользовавшись посредничеством властей Троице-Сергиева монастыря, начал секретные переговоры с ярославским правительством. Послы князя, братья Пушкины, от имени своего предводителя предложили Пожарскому и Минину объединиться для совместной борьбы с интервентами и с «врагами, которые нынеча завели смуту».
И. М. Заруцкий на примирение с ярославцами рассчитывать не мог, а, возможно, и не хотел. Его отрицательное отношение к событиям 2 марта объяснялось иными причинами: бывший казачий атаман, а ныне земский «боярин и воевода», поддерживал кандидатуру малолетнего «царевича» Ивана Дмитриевича. Воцарение «воренка» возвело бы Заруцкого, вступившего в интимную связь с «паньей Мариною», в ранг полновластного правителя Московского государства. Интрига приехавшего из Пскова атамана Герасима Попова создала реальную угрозу этим честолюбивым замыслам. Заруцкий, использовав все свое немалое влияние на казаков, сделал ставку на устранение воскресшего в третий раз «царя Димитрия». Вместе с посольством И. Плещеева и К. Бегичева в Псков отправились наиболее доверенные сторонники Заруцкого, принявшие активное участие в организованном местным воеводой князем И. Ф. Хованским свержении самозванца: «… собравшись с народом, того самозванца, поимав и связав, к Москве скована отвезли, где его и повесили, а его сообщников по тюрмам посадили».