Разрядный приказ ведал всем кругом вопросов, относящихся к организации обороны страны, и руководил подготовкой военных операций. Он распределял служилых людей по отечеству — дворян и детей боярских на службу по военному, гражданскому и дворцовому ведомствам, вел списки всех дворян по городам с уездами, так называемые «десятни». В своей деятельности Разрядный приказ взаимодействовал с другими ведомствами, в числе функций которых были и военные дела: Пушкарским, Стрелецким, Поместным, Бронным, Иноземским, Земским, Большого Прихода, Казанским, Мещерским, Оружейным, Конюшенным, Городовым, Засечным, Каменных дел, Житным, Посольским, Челобитным и Ямским приказами. В XVII в., помимо большинства указанных ведомств, разрядные дьяки работали в тесном контакте с приказами Рейтарским, Ствольным, Казачьим, Панским, Приказных дел[35]
, Сбора даточных людей, Хлебным, Полковых солдатских и стрелецких разборных дел, Драгунского и солдатского отпуска, Городового дела, Денежного и хлебного сбору, Сбора немецких кормов, Сбора пятинных и запросных денег, Сбора десятой деньги и Сибирским, а по мере надобности и с другими, в том числе четвертными приказами. Некоторыми особенностями отличалось военное управление Средним и Нижним Поволжьем, и Приуральем. Назначением в эти местах воевод (полковых и городовых) ведал не Разряд, а Приказ Казанского дворца.Накануне похода из Разряда в города на имя воевод и приказных людей рассылались царские грамоты с предписанием всем назначенным идти на войну дворянам и детям боярским готовиться к выступлению. Собраться на «государеву службу» и прибыть на сборный пункт к назначенному времени они должны были «с людми и конми и с доспехом». Подготовленные служилыми людьми продовольственные запасы отправлялись к месту общего сбора раньше, как правило, по зимнему пути.
Из своих городов дворяне и дети боярские выступали с присланным из Москвы «сборщиком», имевшим на руках полученный в Разряде список подлежащих мобилизации служилых людей. Отобранные для участия в походе служилые люди сразу же должны были сообщить сборщику сколько они берут с собой боевых холопов и обозной прислуги. Точно так же через городовых воевод или особых сборщиков, посылаемых Разрядом, происходил сбор посошных людей с указанием, где и когда посошные должны «стати» на службу. В Стрелецкий и Пушкарский приказы из Разряда посылались памяти с запросом — какое число стрельцов, казаков и служилых людей к «наряду» будет направлено в собиравшееся в поход войско.
Одновременно с рассылкой по городам указов о сборе ратных людей в поход происходило назначение от имени царя и Боярской думы (с обязательным объявлением через Разрядный приказ и записью в разрядных книгах) главнокомандующего, других военачальников и их помощников. Большой воевода (командующий войском) и подчиненные ему полковые воеводы назначались, как правило, из бояр и окольничих, их товарищи и сотенные головы — из дворян Государева полка.
В конце XV в., по сообщению Г. Перкамоты, время сбора войска в поход не превышало 15 дней.
Вместе с назначением большой воевода получал из Разрядного приказа царский наказ. В нем содержалась важнейшая информация. Помимо прочего командующему сообщалось: с кем предстоит вести войну, из каких городов и уездов служилым людям назначено участвовать в походе, когда и где собираться отдельным полкам и всему войску, когда начинать наступление или где ожидать подхода неприятельской армии, кто должен командовать отдельными полками, «нарядом» и «гуляй-городом» («обозом»), заведовать раздачей жалованья и всяких запасов. В наказе содержался маршрут движения отдельных полков и всего войска, сообщался примерный план военных действий.
Помимо наказа главному военачальнику (большому воеводе) вручался «разряд» (войсковая роспись ратных людей и воевод по полкам); для разбора сведений, поступающих командующему из Москвы и от других воевод, от разведывательных отрядов в армию назначались дьяки «с разрядом» или «у разряда». Эти дьяки вместе со своими помощниками — подьячими — составляли штаб войска, получивший в середине XVI в. название «разрядного шатра». Полковые воеводы получали особые наказы, в которых указывались состав полка, его маршрут, функции назначенных к ним под командование младших воевод, имена сотенных голов, число приданных стрельцов и казаков и т. п.