В 1604 г. Уложение было дополнено Соборным приговором о введении правил посылки ратных людей в походы. Приговор гласил: «Повелехом, отныне и впредь вседы: кто колико поместей и отчин имеет, а сам коея ради вины на войну не идет, хоша старости или болезни для, или в приказех и городех судейства и управления ради быти сам не может, ни сына пошлет, тому слати холопа от двусот четвертей с конем, с полным доспехом и запасом, коему граду куды идти велено будет; а будет у коего недостаток или лишек в четвертях по мерным вскормленным книгам, и тем складываться и посылати по жеребью; а которые за ранами и увечьем из полков отпустятся, и которые в полону будучи. Выдут, и тех оставляти в домех на два лета и холопей им не посылати; а которых вдов мужи, а детей малых отцы убиты на войне или в плене держатся, ино тех по тому же два лета не посылати». Уклонившимся от службы грозило наказание — лишение земельного владения: «А которые имеют поместья и отчины, и сами или их дети не в войске и холопей не пошлют, и сысчется про то допряма, что они огурством не пошлют, и у тех со сколких четвертей службы не будет, толико четвертей взяти и отдати безпоместным и малопоместным, кои служат, детем боярским и иных чинов людем». Особо были оговорены меры в отношении церковных властей, по-видимому, не стремившихся к участию в военных предприятиях государства. Из текста договора видно, что иерархи и монастыри не посылали «холопей годных в службу» или высылали их «без доспеха и харчей». За это с них взыскивали по 15 руб. за невыставленного в полки человека. Самих монастырских военных слуг велено было писать в стрельцы «без пощады». Составителями документа было подчеркнуто, что на службу необходимо выставлять «гожих» людей. В том случае, если у архиереев или монастырей таких слуг не было, правительство соглашалось принять от них деньги по гривне с четверти (10 руб. со 100 четвертей) «и давати те денги служилым людем, коли война есть; а коли войны ни откуда же, ино людей и денег не брати».
Первоначально собранными в городах дворянскими сотнями и отрядами командовали выборные головы из их среды. Вскоре после принятия Уложения о службе 1555/1556 г. была осуществлена замена выборности голов назначением их центральным военным ведомством и включение сотенных голов в официальные «разряды». Эти мероприятия имели большое значение, способствуя укреплению порядка в войсках и повышению боеспособности армии в целом. Назначение голов Разрядным приказом устраняло своеволие полковых воевод, снижало значение родственных связей и уездных корпораций дворян и детей боярских. При указном способе назначения голов во внимание принимались не только родовитость, но и знание или опыт в военном деле, что повышало авторитет головы и придавало сотне большую самостоятельность.
Вышесказанное относится к сбору на службу и выступлению в поход дворянского ополчения. Служилые люди по «прибору» (прежде всего стрельцы и казаки) являлись в походное войско в составе своих подразделений (иногда — сводных сотен и приказов), с собственными командирами, которые начальствовали над ними в мирное время во время гарнизонной службы. На время похода стрельцы, казаки и пушкари, равно как и посошные люди, распределялись по полкам поместного ополчения, усиливая их, но не изменяя принципов организации войсковых частей.
В XVII в. управление вооруженными силами усложнилось. Как и прежде, вооруженными силами, их сбором, снаряжением и подготовкой к боевой деятельности ведали многочисленные приказы. Число их по сравнению с XVI в., заметно выросло. Сохранив большую часть старых военных приказов, правительство создало множество новых учреждений, в результате чего распределение функций между ними становилось более сложным и запутанным. Многие из новых приказов, не оправдывая своего назначения, ликвидировались, а их функции передавались другим ведомствам.
В конце XVI в. был создан Иноземский приказ, о котором сообщалось в «Записке о царском дворе, церковном чиноначалии, придворных чинах, приказах, войске, городах и проч.», составленной около 1610–1611 гг. в Москве для царевича Владислава. Запись об этом ведомстве была краткой и гласила: «Приказ Иноземцов, где их ведают всех». Изменения в системе управления вооруженными силами особенно бурно протекали в XVII в. После Смутного времени возникают Казачий приказ (не позднее апреля 1613 г., иногда именовался Казачьим разрядом) и Панский (1614 г.; с 1623 г. получил название Иноземского) приказы. Появление драгун вызвало попытку учреждения Приказа драгунского строя, упоминавшегося с 1646 г. Для руководства полками рейтар и копейщиков в 1649 г. учредили Рейтарский приказ, разделивший свои функции организации службы конных полков «нового строя» с Разрядным, Иноземским и областными приказами.
Для сбора средств на жалованье ратным людям и денежных военных налогов существовали особые приказы: Приказ сбора пятинных и запросных денег (1616–37), Приказ сбора ратных людей (1637–1654), Приказ денежного дела (с 1654).