Новая модель местного управления появляется в России еще во второй половине XVI в., наряду с действующими в уездах и волостях Московского государства губными и земскими учреждениями. Первоначально воеводы направлялись лишь в пограничные города, где существовала необходимость введения военной администрации, напрямую подчиненной правительству. Во внутренние уезды страны воевод стали посылать в Смутное время для организации вооруженного отпора действовавшим там войскам самозванцев, интервентов, разорявшим южные районы страны татарским отрядам. О преобладании военных функций в деятельности правительственных эмиссаров свидетельствует анализ выдававшихся им наказных грамот. Так, направленный в 1611 г. на воеводство в Ядрин Мисюрь Соловцов, получил от начальников Первого ополчения Д. Т. Трубецкого и И. М. Заруцкого подробную инструкцию, согласно которой он должен был принять у своего предшественника Василия Кушникова казну и находившиеся в городе запасы, организовать его надежную оборону. Для этого при получении вестей «про крымских или про нагайских воинских людей», он должен был посылать «в подъезд и для языков голов с сотнями». В случае прихода врагов к Ядрину воевода получил приказ о немедленном сборе жителей окрестных дворцовых сел «со всяким оружием» в осаду. При нападении противника на соседние уезды, «которые к Ядрину и к Ядринскому уезду смежны», Соловцову давалось право действовать самостоятельно, по сложившимся обстоятельствам, однако в любом случае воевода обязывался «быти в городе с великим береженьем, и сторожи и отъезжие караулы и заставы ставити урядно, как бы было ядринским людем усторожливо и от приходу воинских людей бережно». Учитывая опыт прежних бунтов и мятежей, от него требовалось «росматривати, чтоб ни в ком шатости <…> и лихих заводов и самоволства не было». Управлять городом и уездом Мисюрю Соловову предписывалось, не ожесточая жителей Ядрина, «к служилым <…> людям ласку и привет держать, и словом во всяких делех обнадеживать». Только в самом конце документа содержалось указание исполнять свои обязанности «в правду», взимая с судных дел пошлины «против Судебника». Окончательно воеводское управление сложилось в Русском государстве к 20-м гг. XVII в. Воеводы и их товарищи назначались Разрядным приказом и утверждались государем и Боярской думой. Со временем круг обязанностей воевод расширился, они сосредоточили в своих руках административные, судебные, финансовые, полицейские функции, контроль за распределением земли, однако важнейшей их задачей оставалась организация обороны вверенных им городов и уездов, учет проживавших там служилых людей и всего боеспособного населения, сбор и хранение ратных запасов. Действия местных начальников регламентировались наказными грамотами. Городовым воеводам поручалось следить за военной подготовкой и вооружением своих подчиненных и готовить им в помощь резервные отряды из посадских и уездных людей. Огнестрельное оружие обязаны были иметь даже крестьяне, бобыли, «поповы и боярские люди», только самым бедным из них «за скудостью» разрешалось иметь для военных надобностей рогатины и бердыши.
В своем строительстве московская армия прошла долгий исторический путь, совершенствуясь вместе с государством. Происходившее в конце XV — первой половине XVII вв. развитие вооруженных сил России делится на 3 этапа, каждый из которых имел свои особенности, повлиявшие на ход шедшей тогда вооруженной борьбы.
На первом этапе началась перестройка московской княжеской армии (конец XV — середина XVI в.), в ходе которой мелкий княжеский и боярский вассалитет превратился в государевых служилых людей — помещиков, получавших за свою службу в условное держание земельные дачи. Так образовалось поместное войско, являвшееся ополчением служилых людей «по отечеству». В результате этих преобразований были созданы предпосылки для успешного решения первоочередных внешнеполитических задач — отвоевания части западнорусских территорий у Великого княжества Литовского и установления мирных отношений с татарскими ханствами.