С военно-организационными мероприятиями властей самым непосредственным образом связаны военные акции Московского государства. В войнах с Казанским, Крымским и Астраханским ханствами, Швецией, Ливонским орденом, Литвой и Польшей русские войска действовали по большей части удачно, командовавшие ими воеводы выказали способность решать сложные стратегические и тактические задачи. В результате произошедших вооруженных конфликтов некоторые из враждебных России государств (Казанское, Астраханское и Сибирское ханства, Ливонский орден) прекратили свое существование, Большая Ногайская орда и калмыки подчинились Москве, Великое княжество Литовское лишилось значительной части восточных земель, южные границы Руси были отодвинуты к верховьям Дона и укреплены линией сплошных засечных черт. Именно тогда на степных «украйнах» страны возникают казачьи юрты, ставшие первым рубежом русской обороны. Тяжелые поражения в Ливонской войне 1558–1583 гг. и сражениях Смутного времени начала XVII в. объясняется не только использованием противниками России новых форм вооруженной борьбы, появившихся в эпоху Нового времени в европейских армиях, но и ошибочным внешнеполитическим курсом Ивана Грозного, трудным внутренним состоянием Московского государства и расколом русского общества, приведшим к разрушительной гражданской войне, пламя которой с трудом погасили ополченцы земских ратей, с оружием в руках бившиеся против польских и шведских интервентов и русских «заводчиков смуты». Восстановив армию, усилив ее полками «нового строя», правительство Михаила Федоровича Романова в 1632 г. попыталось вернуть Смоленскую, Черниговскую и Северскую земли. Развернувшиеся на всем протяжении русско-польской границы военные действия первоначально шли с явным преимуществом Москвы. Но трагическое поражение армии М. Б. Шеина под Смоленском едва не привело страну к новой военной катастрофе. Лишь мужество защитников небольшой крепости Белая остановило начавшееся вражеское нашествие, вынудило польского короля Владислава IV пойти на мир с Россией, уступив ей город Серпейск. Более полному изучению Смоленской войны 1632–1634 гг. помогли архивные материалы, содержавшие подробное описание боевых действий на псковском и путивльско-белгородском участках фронта. Одной из наиболее удачных операций этой войны стало взятие Полоцкого острога русскими войсками, действовавшими на псковском участке русско-польского рубежа (в районе Невля и Великих Лук).
Постоянные столкновения с татарами на восточной и южной границах Московского государства, ожесточенные войны на западных и северо-западных рубежах страны определили особенности русской военной организации. Частые вооруженные конфликты второй половины XV — начала XVII в. превратили страну в настоящий военный лагерь, отвлекая значительную часть населения от мирных занятий, вынуждая уездных и посадских людей запасаться боевым оружием и снаряжением, учиться ратному делу. Почти вся официальная жизнь выстраивалась вокруг армии, ее интересов и нужд. Защита Русской земли стала обязанностью всех русских людей, от которой нельзя было ни уклониться, ни откупиться. За уклонение от службы («неты») и бегство из полков наказывали даже дворян. Во время военных тревог проходила мобилизация не только служилых людей (воинов поместного ополчения, стрельцов, городовых казаков, пушкарей и затинщиков, солдат, рейтар, драгун), но и купцов, ремесленников, крестьян, выступавших на земское дело с собственным оружием, в том числе огнестрельным. Набранные из их числа «осадные люди» обороняли города и остроги, лесные завалы и другие укрепления пограничных засечных черт. Во время больших войн действовал принцип обязательной ратной повинности: в дальние походы выступали собиравшиеся со всей земли посошные и даточные люди, на плечи которых ложился тяжелый труд по обеспечению действий русских ратей, составленных из служилых людей — воинов поместной конницы, стрельцов и казаков. В случае необходимости они привлекались к участию в военных действиях.