За короткий срок царствования Павла Ростопчин успел поруководить несколькими ведомствами: военным, дипломатическим и почтовым. Где бы он ни работал, ему всегда удавалось доказывать значительность занимаемой должности. Многие современники, даже его противники, отмечали завидную работоспособность Ростопчина, его хорошие организаторские способности. В этом он был под стать императору, встававшему спозаранку и день-деньской занимавшемуся насущными государственными делами. Павел задумал за несколько лет сделать то, на что обычно требуются десятилетия. Особую заботу нового императора и вдохновляемых им приближенных составляло наведение порядка в распустившейся, по его мнению, стране: укрепление и централизация царской власти, введение строгой дисциплины в обществе, ограничение прав дворянства (например, он приказал всем дворянам, записанным на службу, явиться в свои полки, а служили тогда с младенчества).
Смысл жизни подданного – служение государю, а всякая свобода личности ведет к революции. Этот постулат павловского времени Ростопчин принял на всю оставшуюся жизнь. Именно Павел «сделал» Ростопчину прививку от либерализма. Ростопчин хорошо усвоил, что совсем немного времени требуется, чтобы «закрутить гайки»: ужесточить цензуру, запретить выезд молодежи на учебу за границу. Неслучайно Ростопчин в 1799 году отмечал, что работает он «до изнеможения»: вставая в половине шестого утра, через сорок пять минут он был уже у государя, при котором пребывал до часу дня, занимаясь рассылкой приказов и чтением поступающих документов. Ложился спать он в десять часов.
Управляя Военным департаментом и военно-походной канцелярией императора (с мая 1797 года), Ростопчин написал новую редакцию Военного устава по прусскому образцу. Целью нового устава было превращение армии в слаженный механизм с помощью повседневных смотров и парадов. Как глава почтового ведомства (с мая 1799 года), он имел возможность читать проходящую через него почту. Факт немаловажный, особенно для того, кто знает толк в интригах.
Но наиболее бурную деятельность Ростопчин развил, занимаясь внешнеполитическими делами Российской империи. В сентябре 1799 года государь назначил его первоприсутствующим в Коллегии иностранных дел, то есть фактически канцлером (занимавший эту должность Безбородко умер еще в апреле 1799 года). Ростопчин планировал развернуть внешнюю политику России на 180 градусов, избрав в качестве союзника Францию, а не Англию с Австрией. Таким образом, он двигался в русле политики Павла, который «перевернул все вверх дном», как выразился его старший сын Александр. Ростопчин даже планировал тайно отправиться в Париж для ведения переговоров с Бонапартом. Но разве государь мог его отпустить – ведь на дворе уже стояла осень 1800 года, тучи над Михайловским замком сгущались. Из затеи Ростопчина ничего не вышло.
Еще одно важное открытие Ростопчина – то, что у России не может быть политических союзников в принципе, а есть лишь завистники, которые так и норовят сплотиться против нее. Недаром ему приписывают фразу: «Россия – это бык, которого поедают и из которого для прочих стран делают буль онные кубики». Ростопчин впоследствии напишет в своей «Записке… о политических отношениях России в последние месяцы павловского царствования»: «России с прочими державами не должно иметь иных связей, кроме торговых». Получается, что Ростопчин задолго до Александра III, провозгласившего главными и единственными союзниками России армию и флот, сформулировал основные постулаты политики царя-консерватора. По этой причине (в том числе) Ростопчина и принято относить к основателям русского консерватизма, а заодно и национализма. Ведь любимым лозунгом Александра III был «Россия для русских».
Но пропорционально его влиянию увеличивалось и число завистников, надеявшихся, что царствование Павла будет коротким. Ростопчин должен был быть готов, что в любое время он так же быстро сойдет с пьедестала, как и очутился на нем. Первая отставка последовала в марте 1798 года, когда в результате происков фаворитки Павла Е. И. Нелидовой он был снят со всех постов и выслан в свое имение. Правда, уже через полгода Ростопчин вновь понадобился государю (у Павла вместо Нелидовой появилась новая любимица – А. П. Лопухина). Новые «знаки благоволения», как называл их Ростопчин, не заставили себя ждать – графский титул «с нисходящим его потомством» в феврале 1799 года, а еще 3000 крепостных и 33 тысячи десятин земли в Воронежской губернии. В марте 1800 года он назначен членом Совета императора.
Но награждали не только Ростопчина, но и его родственников. Так, в апреле 1799 года вышел следующий приказ: «За верность и преданность нашего действительного тайного советника графа Ростопчина еще в знак нашего к нему благоволения всемилостивейше жалуем отца его, отставного майора Ростопчина, в наши действительные статские советники, увольняя его от всех дел». Ростопчин сам настоял на таком благоволении.