Серьезно занемогла царица еще в 1559 году, и чем ее только не лечили. Болезнь продолжала развиваться. Летом 1560 года в Москву пришел очередной опустошительный пожар, и тогда Грозный от греха подальше отправил Анастасию в Коломенское. Но лучше царице не стало. Родные для Ивана Грозного стены Коломенского дворца не помогли: «Того ж лета, августа в 7 день, на память святого мученика Деомида, в пятом часу дни, приставися благоверного царя и великого князя Ивана Васильевича всеа Руси царица и великая княгиня Анастасия. И погребена бысть в Девичьем монастыре у Вознесения Христова в городе, у Фроловских ворот».
Именно со смерти отравленной боярами – по мнению царя – жены и началось его окончательное превращение в Грозного (и даже Ужасного, для иностранцев). Он еще помнил скоропостижную кончину своей матери Елены Глинской. Подозрения в отравлении Анастасии, поселившиеся в душе мнительного самодержца, получили подтверждение уже в наше время. Анализ останков царицы показал значительное превышение в них свинца, ртути и мышьяка.
Для Грозного личная жизнь была накрепко переплетена с политикой. Неудивительно, что в том же году царь избавился и от «Избранной рады», еще как-то пытавшейся сдерживать его агрессию. Маховик террора стал раскручиваться сызнова.
Коломенское по-прежнему выполняло роль непременного места посещения, в котором государь останавливался во время длительных поездок по своим владениям. Здесь Иван IV будто собирался с силами. Заехал он на свою малую родину и в том памятном 1564 году, когда впервые оформилась у него идея практического воплощения опричнины, вместе с государем приехала его вторая жена – черкесская княжна Мария Темрюковна. Историк Михаил Покровский отмечал: «Москвичи отлично знали, что Николу Чудотворца (6 декабря) царь праздновал в Коломенском, в воскресенье, 17 числа, был в Тайнинском, а 21 приехал к Троице – встречать Рождество. К слову сказать, это был и обычный маршрут его поездок в Александровскую слободу, не считая заезда в Коломенское, объяснявшегося неожиданной в декабре оттепелью и разливом рек».
Коломенское – важнейший этап того пути, по которому прошел Грозный, чтобы предъявить своему боярскому окружению ультиматум. То, что Николу Зимнего царь отмечал именно здесь, говорит о многом. Святой Николай был покровителем Москвы, одна из самых старых московских улиц – Никольская – названа в честь этого святого. Да и москвичей, как мы знаем, иностранцы зачастую называли николаитами. В Коломенском же начался и процесс падения опричнины. В 1571 году к Москве подошел крымский хан Давлет Гирей. Попытка опричного войска дать отпор захватчикам провалилась. Хан задумал сжечь Первопрестольную дотла, причем вначале он решил запалить Коломенское, продемонстрировав тем самым свое полное пренебрежение и неуважение к русскому царю.
Авантюрист Генрих фон Штаден, находившийся на опричной службе у Ивана Грозного, писал: «Поначалу татарский хан приказал подпалить увеселительный двор великого князя – Коломенское – в 1 миле от города. Все, кто жил вне [города] в окрестных слободах, – все бежали и укрылись в одном месте: духовные из монастырей и миряне, опричники и земские. На другой день он поджег земляной город – целиком все предместье; в нем было также много монастырей и церквей. За шесть часов выгорели начисто и город, и Кремль, и опричный двор (на Ваганьковском холме. –
Катастрофа 1571 года, начавшаяся в Коломенском, словно пробудила царя от долгого сна. Он ненадолго прозрел: опричнина не только не спасла Россию, а привела страну на край гибели. Опричники, поднаторевшие в грабежах и насилии по отношению к собственному населению, морально разложившись, обнаружили полнейшую неспособность к военной службе. Значительная часть их и вовсе проигнорировала призыв царя собраться на войну для отражения нападения Давлет Гирея. В итоге в 1572 году Грозный отменил опричнину, наложив вето на любое упоминание о ней. Верхушку опричнины он устранил привычными методами.