После «успешного» визита в Токио коммодора Пирри в порт Нагасаки из балтийского Кронштадта пришла русская эскадра в составе трех кораблей с экипажем численностью 463 человека под командованием вице-адмирала Е.В. Путятина — полномочного представителя России в Японии и Китае. Ему предстояло решить вопросы территориального разграничения и взаимовыгодной торговли. Путятин с эскадрой после трудного плавания прибыл в порт Нагасаки 10 августа 1853 года и был сразу встречен крайне недружелюбно. Объяснялось это просто: перед этим там побывала американская военная эскадра, которая грубо нарушила правила высадки иностранцев на берег.
Японские власти долго уклонялись от ведения дипломатических переговоров с посланником Российской империи и приступили к ним только в январе 1854 года. Русский вице-адмирал Путятин, в отличие от других европейцев уважительно относившийся к местным обычаям и нравам, сумел снискать популярность у местных жителей, оставив после себя добрую память. В деревне Хэда, где происходили переговоры, в 1969 году был основан музей, посвященный русскому адмиралу-дипломату.
Переговоры касались прежде всего установления государственной границы между Россией и Японией. Японская сторона в лице посланников сегуната Токугавы — Масанори Касая и Сеймо Кавадзи хотела провести ее по середине Сахалина и между островами Уруп и Итуруп Курильской гряды. Путятин же отстаивал полную принадлежность России Сахалина и Курил до острова Итуруп включительно.
В письме к Верховному совету — высшему органу японского правительства — от 18 ноября 1853 года российский полномочный посланник вице-адмирал Е.В. Путятин писал:
Японская сторона приводила собственные доводы принадлежности ей и острова Карафуто, и Курильской гряды. Ответы на эти доводы она даст сама себе спустя почти столетие. Профессор университета Токай в Токио Нобуо Мурога в середине XX столетия напишет, что точных данных о «первой» японской экспедиции, посланной якобы в 1636 году на Южный Сахалин, не имеется. По свидетельству профессора Хоккайдоского университета Синъи-тиро Танакура, карты приграничных районов Северной Японии (Эдзо) 1644 года, на которую были бы нанесены Курильские острова, не существует.
Среди прочего японская сторона утверждала, что в 1792—1793 годах их путешественник Риндзо Мамия исследовал восточное и западное побережья Карафуто и в одном месте поставил каменный памятник с надписью: «Это японская земля». Такое заявление никак не вязалось с законами «закрывшейся» от внешнего мира Страны восходящего солнца, в которой люди, совершившие подобные путешествия от берегов Японии, карались смертной казнью.
Однако с началом Восточной, или Крымской, войны 1853—1856 годов кораблям эскадры вице-адмирала Путятина пришлось уйти из Японии в Петропавловск-Камчатский, который предстояло защищать от союзной англо-французской эскадры, появившейся в северной части Тихого океана. Переговоры с Японией были на время прерваны.
Однако в 1854 году вице-адмирал Е.В. Путятин на фрегате «Паллада» предпринял вторую попытку завязать переговоры с японской стороной. 26 января 1855 года он заключает с Японией от имени Российского государства в местечке Симода первый русско-японский договор, получивший в истории дипломатии название Симодского. За государственные заслуги и географические открытия на Дальнем Востоке будущий полный адмирал и министр просвещения России Путятин был награжден орденом Белого Орла и произведен в потомственное графское достоинство.
Первый параграф Симодского договора гласил:
По этому договору граница между двумя странами в Курильской гряде проходила между островами Итуруп и Уруп. Последний остров и северная часть Курил составляли владения России. Остров Сахалин (остров Карафуто или Крафто) оставался во власти двух государств.
Остров Сахалин (Карафуто, Крафто) оставался во власти двух государств, и граница там не устанавливалась: он оставался «не разделенным между Россией и Японией».