В ходе переговоров Муравьев напомнил японской стороне, что до появления японских рыбаков на Сахалине он считался «китайским островом» (Карафуто — Остров китайских людей), принадлежащим к району реки Амур (по-китайски Сахалян-ула), отошедшему к России по русско-китайскому Айгуньскому договору 1858 года. При этом было сказано, что на самом юге Сахалина, в заливе Анива, в местечке Кусюнкотан, еще в 1853 году был основан русский сторожевой пост Муравьевский.
Японская сторона не согласилась с доводами посла Российской империи. Генерал-губернатор Восточной Сибири Н.Н. Муравьев имел в своей эскадре девять боевых кораблей и мог, как это делали американцы и европейские державы, применить военную силу. Однако он имел строжайшие инструкции решить вопрос мирными средствами. Переговоры о Сахалине были на время прерваны.
В эти же годы решался вопрос о Цусиме — островах в Корейском проливе. На обладание этими островами претендовала Великобритания, которая в крайнем случае желала иметь в цусимском порту Имосаки свое военное присутствие. В таком случае враждебно настроенная к России «владычица морей» закрывала русским кораблям проход через Корейский пролив.
Россия, со своей стороны, была заинтересована в том, чтобы иметь на Цусиме незамерзающий порт. В 1861 году была предпринята попытка к созданию в Корейском проливе собственной флотской базы. Она была связана с личной инициативой командующего русской эскадрой в Тихом океане капитана 1-го ранга И.В. Лихачева, который хотел иметь для своих боевых кораблей незамерзающую стоянку. Такое предложение он направил главе морского ведомства России великому князю Константину Николаевичу.
Российское правительство не желало ухудшать отношения с Японией и предложило Лихачеву отказаться от такого замысла. Но великий князь Константин Николаевич разрешил своему подчиненному под личную ответственность заключить частную сделку с владельцем островов, князем Цусимы, на аренду участка земли для русской станции (базы). Но при непременном условии, если против этого не будут протестовать правительство Японии и западные державы. При этом учитывалось, что княжество Цусима, в отличие от других феодальных владений южной Японии, находилось в большой зависимости от правительства этой страны.
Лихачев отправил на Цусиму для ремонта корвет «Посадник» под командованием капитан-лейтенанта Н.А. Бирюлева. Тот прибыл 1 марта в бухту Осаки на одном из островов и добился от местных японских чиновников разрешения на выбор места не только для ремонта корвета, но и для сооружения склада для будущей стоянки русских кораблей и лазарета для больных моряков. Началось строительство «военно-морской станции» России на Цусиме.
Однако земля под строительство была отобрана японскими чиновниками у местных крестьян, что вызвало их крайнее недовольство. Обезземеленных крестьян поддержали вооруженные цусимские пограничные стражники. Произошло столкновение, в ходе которого русскими моряками был убит один из нападавших, а несколько стражников попали в плен. Об этом стало известно в столице Японии.