После окончательного подавления самурайского сопротивления центральной власти и стабилизации внутреннего положения в Стране восходящего солнца японцы возобновили заселение Южного Сахалина, образовав там ряд поселков. У местных жителей айнов были захвачены все рыбные ловли. В ответ на это российские власти укрепили старые и основали ряд новых военных постов, в том числе Корсаковский. На остров прибыли новые партии ссыльнокаторжных.
Однако назревавшему конфликту не суждено было быть. В апреле 1875 года в Санкт-Петербурге японский посланник в России Эномото Такзаки подписал договор, по которому Сахалин полностью переходил к России в обмен на принадлежавшие ей 18 островов северной и центральной части Курильской гряды. Японским судам давалось право рыбной ловли в водах Сахалина, Камчатки и Охотского моря. В порту Корсаков учреждалось японское консульство. Японцам, поселившимся на Сахалине, давалась возможность остаться там, но при условии подчинения законам владеющей островом страны.
7 сентября 1875 года в знак утверждения прав Российской державы на весь остров Сахалин в Корсаковском порту в торжественной обстановке был поднят русский флаг. Акт обмена Сахалина на российскую часть Курильской гряды свидетельствовал прежде всего о стремлении России по-добрососедски строить свои отношения с Японией.
В сознании японцев, касты самураев, правящих кругов страны начинает превалировать мысль о том, что задача немедленного изгнания любых иностранцев из пределов Японии становится просто невозможной. Постепенно утверждается противоположный взгляд на собственную историю: чтобы стать действительно сильным государством, хотя бы в нескором будущем, необходимо заимствовать у иностранцев все то, что делало их сильными и уверенными в себе. Так начинал изменяться менталитет целого народа — многочисленного, трудолюбивого, склонного к организованности и самодисциплине и воинственного, как свидетельствует национальная история.
В такой внутриполитической ситуации японский император начинает борьбу с феодальным правительством сиогуна за возвращение себе подлинной власти в стране. В апреле 1863 года микадо вызывает сиогуна Токугаву к себе во дворец, в город Киото, для объяснений.
Таким образом, впервые за двухвековой промежуток истории Японии сиогун предстал перед истинным, обожествленным государем Страны восходящего солнца. Среди прочего всесильному до того сиогуну было указано, что международные договоры получают полное и окончательное одобрение не им, а лично микадо.
Враждебное отношение к сиогунату охватывает весь юг и юго-запад Японии — местных владетельных феодалов из кланов Тесу и Сацума, их воинственных самураев, простонародье. Повышение цены на рис вызвало массовые крестьянские восстания. Таким положением воспользовался вступивший в январе 1867 года на японский престол пятнадцатилетний Муцухито. Он приобрел надежных сторонников среди феодалов, стоявших вне влияния сиогуна Токугавы (у власти находился последний сегун из этого феодального рода — Кэйки или Хитоцубаси), и в последних числах декабря этого года обнародовал высочайший указ об упразднении сиогуната и о своем вступлении в фактическое управление делами государства.
Самовластные феодалы и самурайские кланы в лице юного императора Муцухито обрели грозного противника в борьбе за фактическую государственную власть на Японских островах. Микадо, обожествленный всем укладом исторической жизни Страны восходящего солнца, решил обрести свою истинную власть. Не случайно первые страницы в учебниках японской истории для начальных школ начинались словами:
Японией сначала правил принц Ниничи-но-Микото, внук Аматэрасу. Прежде чем он стал императором Японии, его бабушка сказала ему:
Восстановление былой власти микадо, естественно, привело к междоусобной вооруженной борьбе в Японии. Она, в частности, вылилась в «войну Четырех Углов» и «войну Боши» (войну за Реставрацию). Императорским войскам пришлось вести большую и кровопролитную войну против северных феодалов и их самураев, сторонников власти сиогуната, брать штурмом сильные крепости Йедло и Вакамуцу. Сражением при Вено близ Токио было покончено с властью сиогуната феодального клана Токугава. Бывший сегун Кэйки после поражений в сражениях при Фусими и Тоба в окрестностях Киото в мае 1868 года без боя сдает свою резиденцию — замок Эдо. В стране власть переходит в руки западных феодальных кланов.