Микадо Муцухито особенно трудно далось усмирение стойкого во взглядах и в войне адмирала Еномото (Эномоцо) Такэаки, командовавшего сиогунским флотом. Адмирал со своим флотом отплыл на южное побережье острова Хоккайдо и провозгласил там «дворянскую республику». Он сопротивлялся своему обожествленному императору с огромным упорством и удивительно долго, сдавшись войскам микадо только в середине 1869 года.
Этот год в японской истории считается началом новой эпохи под названием «Мэйдзи» (в буквальном переводе — просвещенное правление, официальное название периода правления императора Муцухито с 1868 по 1912 год). Имя императора теперь тоже стало Мэйдзи. А связанные с этим события вошли в японскую историю под названием «Мэйдзи исин» (Реставрация Мэйдзи).
Затем началась серия самурайских мятежей, направленных против централизации власти в стране. В этих мятежах приняло участие несколько десятков тысяч представителей военной касты Японии — самураев. Больше всего они были недовольны созданием национальной армии на основе всеобщей воинской повинности. Недовольные нововведениями самураи восставали с оружием в руках против центрального правительства, но не против императора Страны восходящего солнца.
В 1877 году императорские войска с большим трудом подавляют восстание клана Сацума на острове Киу-Сиу (Кюсю) под предводительством популярного японского военачальника Сайго Кичиноско. В конце сентября того же года он начал марш на Токио во главе 4-тысячной самурайской армии княжества Сацума; но потерпел полное поражение от правительственных войск и погиб в битве близ города Кумамото. Самурайские войска Сайго Кичиноско были рассеяны и больше воедино не собирались.
Только после всех этих внутренних военных потрясений «реформы Мэйдзи» начали утверждаться во внутренней жизни Японской империи, в которой реальная власть микадо утвердилась раз и навсегда, вплоть до середины XX столетия. Теперь будущее молодой державы Восходящего солнца, отказавшейся от самоизоляции, было обеспечено.
После подавления сопротивления крупных феодалов и недовольства касты самураев централизованной императорской власти «реформы Мэйдзи» последовали одна за другой. В 1871 году окончательно исчезает деление страны на феодальные владения — «ханы». Вместо них образуются «кены», то есть губернии во главе с императорскими чиновниками.
В следующем, 1872 году в Японии начинается организация императорской регулярной армии, комплектование которой шло на основе всеобщей личной воинской повинности. Согласно принятому закону о всеобщей воинской повинности, призыву в армию подлежали лица мужского пола, достигшие 20-летнего возраста и годные для действительной воинской службы. Военная реформа полностью отвечала духу военной касты страны — многочисленному самурайскому сословию. Началось милитаристское воспитание народа, ставка в котором делалась на верноподданнические чувства к божественному микадо, беспрекословное повиновение его воле.
Весь период 80-х годов в Японии знаменовался законодательными преобразованиями и реформами государственного управления. По примеру Западной Европы в стране создаются министерства. В 1889 году были обнародованы статьи новой конституции Японии. Правительство посылает за границу большое число способных молодых людей, которые занимаются повышением своего образования и одновременно перенимают в Европе все лучшее, что можно было применить на японской земле.
Страна восходящего солнца с невиданным ранее в мировой истории упорством стремилась догнать в поступательном развитии цивилизованные государства Европы и Северной Америки. Более того, Япония поставила перед собой задачу войти в эту семью полноправным членом. В 1874 году она присоединяется к Женевской конвенции, в 1878 году — к Всемирному почтовому союзу. В 1890 году добивается подчинения иностранцев местному суду, открыв им взамен этого свободный доступ на всем пространстве островной империи.
Один из исследователей японской истории М. Венюков в своем труде «Обозрение Японского архипелага и современное его состояние», опубликованном в 1871 году в Санкт-Петербурге и Берлине, не без стороннего восторга комментировал результаты «реформ Мэйдзи», которые еще не завершились: