Своеобразным ответом атамана Семенова адмиралу Колчаку стали совместные действия его Особого маньчжурского отряда с японскими войсками во время наступления на Забайкалье в октябре 1918 года. Тогда семеновская конница при форсировании широко разлившегося Онона, мост через который был взорван красными, взаимодействовала с японской кавалерией. Более того, совместными действиями командовал капитан Андо, офицер императорского Генерального штаба. А прибывшая в Забайкалье 7-я японская пехотная дивизия под начальством генерал-лейтенанта Фудзи подкрепила силы семеновцев в Забайкалье и помогла им овладеть Читой.
Недоброжелательное отношение правящих кругов Японии к адмиралу Колчаку продолжалось и дальше. Назначение его военным и морским министром омского правительства, состоявшееся в октябре 1918 года, вызвало в Токио отрицательную реакцию даже при всей явной благосклонности руководства Антанты к этой фигуре в российском Белом движении. Послу в Токио В.Н. Крупенскому дали понять, что Колчак пользуется репутацией японофоба.
Приход к верховной власти в Омске адмирала Колчака вызвал негативную реакцию японских правительственных кругов и высшего армейского командования. Из Токио в Читу атаману Семенову поступила доверительная секретная депеша: «Японское общественное мнение не одобряет Колчака. Вы протестуйте ему».
Семенов к тому времени вынашивал собственные планы стать «неким правителем» Забайкалья и прилегающих к нему русских земель, а также восточной части Монголии. Но без помощи сильной во всех отношениях Японии атаман в полковничьем звании сделать многого просто не мог. К тому же он не хотел иметь над собой еще какую-то власть, в том числе и далекого от Читы белого омского правительства.
Дальше Семенов действовал с полного одобрения командования японских экспедиционных сил на Дальнем Востоке и Токио. В середине Ноября из Читы за его подписью идет телеграмма: атаман сообщал омскому правительству о нежелании признавать верховную власть адмирала Колчака и предлагал на эту высшую должность в российском Белом движении свои кандидатуры — генералов Деникина, Хорвата или атамана Оренбургского казачьего войска Дутова.
Вскоре полковник Семенов (самое вероятное — не без одобрения своих японских советников) прервал телеграфную связь между Омском и Дальним Востоком, а на Забайкальской железной дороге задержал поезда с военными грузами, отправленными Антантой Верховному правителю России для создаваемой колчаковской армии. Поводом для таких «самовластных» действий атамана стало решение Колчака отдать под суд непосредственных исполнителей переворота 18 ноября 1918 года — коменданта Омска полковника Волкова, казачьих офицеров Красильникова и Катанаева. Именно они арестовали эсеров — членов омской Директории (омского правительства). Суд носил чисто формальный характер, и все подсудимые были оправданы, поскольку они действовали «по побуждению любви к родине».