Семенов из Читы потребовал от Верховного правителя России немедленного освобождения арестованных. Он предупредил адмирала Колчака, что «в случае неисполнения моего требования я пойду на самые крайние меры и буду считаться с вами лично». В Омске это восприняли как атаманский бунт в глубоком тылу Восточного фронта Гражданской войны в России. В условиях вооруженного противоборства Белого движения с Красным «бунт» полковника Семенова помогал последним.
Верховный правитель России адмирал А.В. Колчак, он же Верховный главнокомандующий всеми белыми армиями в Гражданской войне, в конце ноября 1918 года издал приказ № 60. В нем атаман Семенов прямо объявлялся изменником. 1 декабря того же года Колчак (встав на путь конфликта с Японией) издал приказ № 61 о ликвидации «семеновского инцидента». Последний приказ гласил:
Однако на защиту Семенова сразу же встало командование японского экспедиционного корпуса. Генерал Волков дальше Иркутска проехать не смог, а посланные им в Читу офицеры были изгнаны оттуда семеновцами. Японский генерал Юхи заявил, что «Япония не допустит никаких мер против Семенова, не останавливаясь даже для этого перед применением оружия…». Именно такую инструкцию получила дислоцированная в Забайкалье 3-я дивизия императорской армии.
Японская сторона уже вторично вставала на сторону атамана Семенова в его «конфликте» с Верховным правителем России. Когда в начале декабря 1918 года генерал Хорват по приказу адмирала Колчака в полосе отчуждения КВЖД разоружил сотню атамана Калмыкова, власти Токио выразили резкий протест, усмотрев в этом оскорбление высшего японского командования, которому был подчинен калмыковский отряд. Тем самым Колчаку было дано понять, что в отношении Семенова подобные действия будут пресекаться и что омское правительство может оказаться без тихоокеанских портов, откуда Антанта снабжала Верховного главнокомандующего Белым движением всем необходимым для ведения Гражданской войны.
Однако в своих «просеменовских и антиколчаковских» действиях японской стороне надо было объясниться перед державами Антанты. Было официально заявлено следующее:
Однако Верховный правитель России не хотел пасовать перед такими действиями Страны восходящего солнца, которые объективно шли во вред Белому движению. Российскому послу в Вашингтоне Г.П. Бахметьеву было поручено добиться поддержки у американского президента Вудро Вильсона: Верховный правитель не может установить свою власть в Восточной Сибири, так как «возникли препятствия со стороны Японии, явно покровительствующей Семенову, который является выполнителем ее планов…».
Государственный департамент США пошел навстречу просьбе адмирала Колчака. Американский посол в Токио Р. Моррис сделал соответствующий запрос правительству микадо. Точно так же поступили послы Франции и Великобритании. Японской стороне в своих действиях на российском Востоке пришлось оправдываться перед союзниками по Антанте.