Судьбой было уготовлено так, что обороной Порт-Артура по ранее утвержденным свыше планам руководил начальник Квантунского укрепленного района генерал-лейтенант A.M. Стессель, по свидетельству современников едва ли не самый некомпетентный представитель сухопутного командования на Дальнем Востоке. Лучшее свидетельство тому — его первые боевые приказы гарнизонным войскам с начала осады крепости.
Опасаясь наступления японских войск со стороны Цзиньчжоу, Стессель телеграммой приказал генерал-майору Фоку: «Отступайте к Волчьим горам, не задерживайтесь без надобности на остальных позициях». Затем он повторил свой приказ: «Отходить, не задерживаясь». Лишь с большим трудом начальнику 7-й Восточно-Сибирской стрелковой дивизии генерал-майору Р.И. Кондратенко удалось настоять на том, чтобы не отводить сразу русские войска под стены Порт-Артура, а занять позиции на удобных для боя высотах восточнее перевала Шининцзы.
Передовую позицию крепости заняла 4-я Восточно-Сибирская стрелковая дивизия, ее четыре полка были подкреплены полком дивизии Кондратенко. Они занимали линию обороны длиной в 28 километров, которые обойти с флангов было невозможно. Приказ об обороне передовой позиции Стессель отдал с большим запозданием. Сибирские стрелки занялись инженерным укреплением позиции: спешно рылись окопы и траншеи, оборудовались батарейные позиции, блиндажи, устанавливались проволочные заграждения, местами ставились фугасы.
Почти до середины лета воюющие стороны занимались собственными проблемами. Русская сторона укрепляла занимаемую передовую позицию и занималась дооборудованием крепостных сооружений. Японская сторона старалась ускорить темпы наращивания через порт Дальний сил осадной 3-й армии на Квантуне и тоже укрепляла свои позиции на полуострове, беспричинно ожидая контрнаступления противника. Почти ежедневно происходили перестрелки между отрядами боевого охранения, но до серьезного боя не доходило.
Командующий Соединенным флотом Того установил жесткую блокаду русской крепости со стороны моря. Ее рисунок выглядел следующим образом. Непосредственно перед Порт-Артуром, но вне досягаемости огня русских береговых батарей дозорную службу круглосуточно несли отряды миноносцев. Для помощи этим легким силам выставлялся дозор из отряда, как правило, легких, быстроходных крейсеров. Главные броненосные силы Соединенного флота находились в готовности к выходу в море на якорной стоянке у островов Эллиот или в ближайших корейских гаванях.
С целью более надежного и гарантированного блокирования порт-артурской эскадры во внутренней гавани японский флот активно минировал по ночам воды близ крепости. Вражеские минные поля стали «дополнением» к русским минным заграждениям. Однако морская минная война под Порт-Артуром оказалась победной не для японцев, а для защитников русской крепости.
15 мая минный заградитель «Амур» под командованием капитана 2-го ранга Ф.Н. Иванова поставил очередное минное заграждение из 50 контактных мин. Оно было выставлено с расчетом перекрыть наиболее вероятный путь движения вражеской броненосной эскадры при ее подходе к Порт-Артуру (примерно в 10 милях от берега) в целях бомбардировки крепости, города и внутренней гавани. Успех рядовой минной постановки превзошел все мыслимые ожидания.
Японские морские дозоры «просмотрели» минную постановку противной стороной. Через два дня, 17 мая, на новом заградительном минном поле подорвались неприятельские эскадренные броненосцы «Хацусе» и «Яшима» из подошедшего к Порт-Артуру блокирующего отряда (в составе 3 броненосцев и 2 крейсеров). Первый из них погиб на месте подрыва от детонации пороховых (снарядных) погребов. Род гибели «Хацусе» был схож с причиной гибели русского эскадренного броненосца «Петропавловск». Над кораблем взвился высокий столб бурого дыма, нос броненосца поднялся на мгновение над водой, и он быстро ушел под воду. В морской пучине нашли свою гибель 36 офицеров и 457 матросов.
Японцы решили, что их атаковали русские подводные лодки, которых они особенно опасались, и открыли беспорядочный орудийный огонь по плавающим на воде обломкам «Хацусе». Второй броненосный корабль, «Яшима», после подрыва на русской мине, остался на плаву, хотя и потерял на время ход. Когда паника улеглась, его взяли на буксир и спешно отвели от места трагедии. По пути на Японские острова, куда «Яшима» был отправлен для капитального ремонта, эскадренный броненосец затонул.