Гибелью двух эскадренных броненосцев на минном заграждении, выставленном минным заградителем «Амур», невосполнимые потери броненосных сил императорского Соединенного флота в день 17 мая 1904 года не ограничились. При маневрировании столкнулись два крейсера — броненосный «Кассуга» и более легкий «Иосино». Последний, получивший большую подводную пробоину, через несколько минут после столкновения перевернулся и затонул в водах Желтого моря. Погибли 32 офицера и 287 матросов. «Кассуга» получил, в свою очередь, настолько серьезные повреждения, что его пришлось на буксире отвести в базу для длительного ремонта. Этот день был назван «черным днем Японского флота».
Однако этим потери флота Того не ограничились. «Черный день Японского флота» имел в начавшейся осаде Порт-Артура свое скорое продолжение. Противник в ближайшие дни потерял еще ряд кораблей. При тралении в бухте Керр наскочил на русскую мину и затонул после подрыва миноносец № 48. Затем у мыса Робинсон подорвалось на мине посыльное судно «Мияко». На следующий день после него садится на камни посыльный корабль «Тацута». Назавтра канонерская лодка «Акаги» наскочила на канонерскую лодку «Осима» и потопила ее. А на следующий день близ Порт-Артура подорвался на русской мине и пошел на дно эскадренный миноносец «Акацуки».
В июле царский наместник приказал владивостокскому отряду крейсеров совершить «диверсию» на неприятельских коммуникациях, на время прервать сообщение тихоокеанских портов противника с Желтым морем.
В море вышли броненосные крейсера «Россия», «Громобой» и «Рюрик». 20 июля, пройдя в Тихий океан Сангарским проливом, отряд русских кораблей вне видимости с японских берегов повернул на юг. Через день был задержан германский транспортный пароход «Аравия». При досмотре оказалось, что он вез военную «контрабанду» в японский порт Иокогаму из Соединенных Штатов. 23 июля у входа в Токийский залив был остановлен для досмотра английский пароход-контрабандист «Найт Коммандер», который шел из Нью-Йорка в Японию с военным грузом. Поскольку на британском транспорте не оставалось угля, чтобы дойти до Владивостока, он был потоплен.
Русские крейсера уничтожили в ходе набеговой операции на вражеское побережье несколько японских транспортных шхун, германский пароход «Tea» с военным грузом и захватили с подобной «контрабандой» английский пароход «Калхас». В Японии забили тревогу, но защититься от русских в Тихом океане было нечем. После того как на крейсерах стал, подходить к концу уголь, они повернули на север и взяли обратный курс на Владивосток.
Между тем осадная 3-я японская армия на Квантунском полуострове усиливалась с каждым днем. Она пополнилась еще одной, четвертой по счету пехотной дивизией, двумя резервными пехотными бригадами и осадным артиллерийским парком. К концу июля армия Ноги насчитывала в своем составе уже 60 тысяч пехоты, 208 орудий и 72 пулемета. Теперь она превосходила по силам осажденный порт-артурский гарнизон в полтора раза и продолжала усиливаться численно. Через месяц под командованием героя японо-китайской войны Маресукэ Ноги было уже 80 тысяч войск.
26 июля неприятельская осадная армия перешла в наступление против так называемой русской позиции на перевалах Квантуна. По всей оборонительной линии на дальних подступах к Порт-Артуру начались тяжелые бои. Они засвидетельствовали главное — при ведении активной обороны крепостной гарнизон мог долго сдерживать превосходящие силы противника подальше от Порт-Артура. В ходе боев на Квантуне за время чуть более месяца японские потери составили убитыми и ранеными почти 12 тысяч человек, тогда как потери русских войск — всего около 5,3 тысячи человек.
Порт-Артурская крепость готовилась к осадным боям и штурмам. Между долговременными оборонительными сооружениями были оборудованы стрелковые окопы, прикрытые проволочными заграждениями, а на отдельных, особо опасных участках зарытыми в землю фугасами. В тылу главной линии обороны имелось несколько десятков промежуточных батарейных позиций и отдельных орудий с круговым обстрелом. На всех фортах и некоторых батареях были установлены прожектора. За несколько месяцев 1904 года для укрепления сухопутной оборонительной линии Порт-Артура было сделано больше, чем за предвоенный период начиная с 1898 года.
Большим недостатком в строительстве инженерных сооружений еще с мирного времени было то, что форты и укрепления зачастую не «вписывались» в местность. Они располагались всего в нескольких километрах от города и внутренней гавани. Артиллерия ряда фортов и укреплений не могла обстреливать ближние подступы к крепости, а оборона флангов могла осуществляться только ружейно-пулеметным огнем. Для маневра войсками и полевой артиллерией не хватало дорог.