Особенно одиозную роль на судебном процессе сыграл Б. М. Шапошников, командарм 1-го ранга, начальник Штаба РККА, сторонник конников. Он был одним из авторитетнейших членов Специального судебного присутствия. Согласно стенограмме, Шапошников не задал ни одного вопроса ни одному из подсудимых. Такое его пассивное поведение вызывало недоумение. Ведь на судебном процессе обсуждались принципиальные вопросы о характере будущей войны, средствах и метода х обеспечения безопасности Красной Армии. Безучастным он остался и при выяснении виновности подсудимых: как они представляли роль танков и кавалерии в будущей войне? А ведь командарм Шапошников — крупный военный теоретик к тому же занимал должность начальника Штаба РККА. Наверняка у него были вопросы к подсудимым, уточняющие их позицию. Шапошников уклонился от обсуждения этих вопросов и оказался в роли члена этого суда не случайно. Он относился к числу «военспецов». Окончил Академию Генштаба царской армии. Имел чин полковника царской армии.
Сталин был среди тех, кто решительно возражал В. И. Ленину и Л. Д. Троцкому против привлечени я «военспецов» к строительству Красной Армии, открыто выражал им недоверие и даже без доста точных оснований преследовал их. На 8 съезде РКП(б) 1919 г. Сталин дипломатично не выступал против военспецов, отдав инициативу Ворошилову, который входил во фракцию «военная оппози ция», возникшую на съезде против привлечения военспецов в РККА. На этот раз Сталин включени ем Шапошникова в состав суда хотел показать, что поддерживает военспецов, кто послушно выпо лняет его волю и независимо от собственных убеждений следует за подготовленными им решени ями. Так появилась подпись Шапошникова под смертным приговором Тухачевскому и др., самая авторитетная для признания подсудимых виновными в подрыве боеспособности Красной Армии путём недооценки кавалерии. Такое отношение Шапошникова спровоцировало массовые чистки в армии бывших военспецов. Тех самых, свыше 75 тыс. которых добровольно вступили в Красную Армию и принесли ей победу в Гражданской войне. Сталин не забыл эту бесчестную услугу Шапо шникова… В 1939 г. он был избран кандидатом в члены ЦК ВКП(б), а в 1940 г. назначен заместител ем наркома обороны, ему было присвоено звание Маршала Советского Союза. За несколько дней до окончания войны Шапошников умер и унёс с собой, всё что знал, работая со Сталиным. Военно-теоретическая мысль Б. М. Шапошникова покоилась главным образом на опыте 1-й мировой войн ы и была в значительной мере обращена в прошлое. Ещё в конце 1932 г., после Р.П. Эйдемана, гла вой Военной академии им. М.В.Фрунзе был назначен Шапошников. По словам Г.С. Иссерсона, быв шего в то время начальником факультета оперативного искусства академии, его назначение было ударом для понятия «новые формы борьбы» и триумфом «военного мировоззрения, основанного исключительно на опыте 1-й мировой войны» и, следовательно, не мог понять изменений, проис шедших с тех пор. После назначения Г. К. Жукова на должность начальника Генштаба в феврале 1941 г. Шапошников некоторое время курировал его работу.
Последовавшая после суда над полководцами чистка командных кадров, разрасталась вширь, охватывая всех, кто принадлежал к прежнему окружению приговорённых, военспецам и коман дирам Красной Армии. На армию это подействовало катастрофически — особенно ввиду общего увеличения вооружённых сил, которое происходило одновремённо с чистками. Окончательная цифра чистки офицерского корпуса, по словам наркома Ворошилова, составила: «В ходе очищен ия Красной Армии в 1937–1938 гг. мы подвергли чистке более 40 000 человек». А всего на основании данных архива Верховного Суда СССР и военных трибуналов общее число репрессированных в 1937–1941 гг. составило 54 417 человек. В недавно раскрытых дневниках бывшего Министра оборо ны, Маршала Советского Союза Р. Я. Малиновского упоминается цифра 82 тыс. человек.
В то время как Ворошилов очищал Красную Армию от командных кадров, военно-политическое руководство было занято проведением Большого террора, которым руководил сам лично И. В. Ста лин: он из-за этого два года (1936–1938 гг.) не ходил в отпуск, который ежегодно проводил в течен ие 2–3 месяцев на Северном Кавказе; внимательно с карандашом в руках перечитывал протоколы допросов арестованных; направлял следствие в нужное русло; фабриковал дела и фальсифициров ал показания, а следователи НКВД от арестованных выбивали нужные показания. Всего за время Большого террора было арестовано 1 млн 600 тыс. человек, из которых 700 тыс. были осуждены на расстрел, который сразу же приводился в исполнение, а остальные были осуждены на большие сроки и отправлены в ГУЛАГ, где большинство из них умерли мученической смертью.