Второе тысячелетие было ознаменовано многочисленными крестовыми походами западноевропейских рыцарей против язычников и мусульман, а также против религиозных еретических течений. Огромный крест, пришитый на одежде рыцарей, был символом борьбы за дело Господнее. «Воины креста» не щадили ни стариков, ни женщин, ни детей. Наградой за такую службу было обещание прощения всех земных грехов. Папа Римский Урбан II оказался вдохновителем первого крестового похода по освобождению Святой Земли в 1095 году. «Воины креста» и здесь отличились крайней жестокостью. Сотни тысяч мусульман, иудеев и восточных христиан были безжалостно истреблены. Иерусалим с переменным успехом переходил от крестоносцев к мусульманам. И только в 1244 году Святой город был освобождён от ставленников католической церкви воинами египетского султана Наджмуддина Айюби. Крестоносцы не пожаловали и восточных христиан. В 1204 году Константинополь пал под их натиском. Многочисленные жертвы среди населения, разграбленные православные храмы, разрушенные памятники античного искусства явились результатами разгула крестоносцев. И только в 1261 году, благодаря поддержке турок, византийцы вернули себе Константинополь. Конфликт между двумя Церквями ещё более обострился.
Крестовые походы были также тесно связаны с инквизицией, мрачной страницей истории христианства. Фраза архиепископа герцога Нарбонского Арно Амори «Убивайте всех, Господь узнает своих» поражает своим цинизмом. Так напутствовал «духовник» воинов перед осадой Безье, где находились члены секты катаров.
Недовольство Христианской Церковью возрастало не только в среде простых людей, но и священников. Появлялись оппозиционные течения, из которых формировались секты. Папство требовало от епископов выявлять и судить «еретиков» и передавать их дела в суд так называемой «святой инквизиции». «Суды Божьи» позволяли определять невиновность подозреваемых пытками огнём, водой и другими болевыми приёмами. После «признания» осуждённых ждал костёр.
Деятельность инквизиторов поощрялась: годовым жалованием или частью конфискованного имущества. В качестве инструкций по выполнению своей «святой» работы, инквизиторы использовали слова из Ветхого Завета: «Если, - поучал бог своих последователей в Ветхом завете, - будет уговаривать тебя тайно брат твой, сын матери твоей, или сын твой, или дочь твоя, говоря: "пойдем и будем служить богам иным, которых не знал ты и отцы твои".., то не соглашайся с ним и не слушай его; и да не пощадит его глаз твой, не жалей его и не прикрывай его, но убей его; твоя рука прежде всех должна быть на нем, чтоб убить его, а потом руки всего народа» (Втор. 13:8-9).
Пользовались уважением у инквизиторов следующие пособия: «Практика инквизиции» Бернара Ги (1324) и «Молот ведьм» Я.Шпренгера и Г.Инститориса (1487). В 1598 г. сицилийский инквизитор испанец Луис Парамо с гордостью написал о своей деятельности: «Инквизиторы, следуют точно такой же процедуре, которую они переняли от самого бога. Иисус Христос был «первым инквизитором» Нового Завета. После Иисуса Христа св. Петр, св. Павел и другие апостолы занимали должность инквизиторов, которую они передали последующим папам и епископам».
Методы «священного» трибунала не разглашались. Присягу об этом давали и судьи, и их жертвы. В противном случае и тех, и других ждало суровое наказание. Папская канцелярия боролась помимо «ересей» с «ведовством» («охотой на ведьм»). Тысячи людей, обвинённые в этом грехе, были отправлены на костры инквизиции.
Испанский философ X. Л. Вивес в начале 16 века написал Эразму Роттердамскому: «Мы живем в столь тяжелые времена, когда опасно и говорить, и молчать». Святые отцы не щадили и произведения искусств. Книги неугодных авторов уничтожались. За чтение и распространение работ Бартоломе де Лас Касаса, Рабле, Оккама, Савонаролы, Абеляра, Данте, Томаса Мора, Гуго Гроция, Овидия, Бэкона, Кеплера, Тихо де Браге и многих других выдающихся писателей и ученых грозила смертельная кара. Чистке подвергались публичные и частные библиотеки. Исключение не делалось даже высокопоставленным лицам. Расправа над учёными Джордано Бруно (1473-1543) и Галилеем (1564-1642) – ещё одно свидетельство преступной деятельности инквизиции против идей просвещения.
Ян Гус - ректор Пражского университета, сожжён в 1415 году.
Его последователь Иероним Пражский, учёный, профессор, преподаватель, сожжён в 1416 году.
Мигель Сервет, учёный-естествоиспытатель и врач (открыл малый круг кровообращения), сожжён в 1553 году.
профессор Оксфордского университета Джон Уиклиф (1320- 1384) первым перевёл Библию на английский язык. Церковь не успела сжечь его при жизни, однако спустя годы после его смерти согласно постановлению церковного собора были сожжены его останки.
Но заглушить научные идеи невозможно. С трудом пробивались ростки просвещения сквозь заросли церковной цензуры.