Обвинение в попытке стать над партией, первоначально выдвинутое против Абакумова, в июне 1953 года было сполна использовано Маленковым и Хрущевым при смещении Берии. Каждый последующий руководитель, развенчивая своего предшественника, играл на отмене и пересмотре дел. «Сто дней» Берии в МВД отмечены, помимо всего, реабилитацией лиц близких к Маленкову, обвиненных при Сталине в попустительстве выпуску недоброкачественной авиационной продукции. Многие из репрессированных офицеров, генералов и адмиралов в апреле и мае 1953 года были реабилитированы Военной коллегией Верховного суда СССР с подачи Берии, вскоре арестованного как врага народа. Прекращались все дела о военных заговорах, ряд видных военачальников был возвращен к прежней работе. Сложнее оказался расклад в отношении Абакумова, от которого в политбюро спешили избавиться.
Роль спецслужб как инструмента борьбы за власть была творчески переосмыслена новым руководством, прежде всего Маленковым и Хрущевым. Именно Маленков — глава правительства — отдал приказ об аресте Берии 26 июня 1953 года. Когда арестованный следователь МГБ Рюмин начал давать показания против Игнатьева, последнего при Сталине министра госбезопасности, и всплыло имя Маленкова в качестве одного из соавторов крупных политических дел — Берия (за две недели до своего ареста) направил Маленкову протоколы этих допросов. Шеф МВД имел неосторожность рекомендовать Председателю Совета Министров арестовать последнего при Сталине министра Госбезопасности С. Игнатьева и обвинить его в грубейших нарушениях законности в «деле врачей». Видимо, это «переполнило чашу»: ведь Игнатьев являлся человеком Маленкова.
Еще при Сталине Игнатьев оказался вовлеченным в оперативные дела по компрометации Берии и стал для последнего главной мишенью. Конечно, Маленков хорошо понимал, что попытка расправы с Игнатьевым будет означать выбивание показаний и на него, Маленкова. История с манипуляциями компроматами завершилась молниеносной расправой с Берией, маскируемой выдвижением против него мифических обвинений в шпионаже и попытках захвата власти, хотя Берия находился под бдительной опекой своих замов Круглова и Серова (ставленников Маленкова и Хрущева).
С этого момента масштабы репрессивной политики заметно уменьшились, но роль органов госбезопасности как инструмента правящей власти не изменилась по существу. Хрущев добился назначения Руденко Генеральным прокурором СССР и через него взял в свои руки весь компромат, содержащийся в показаниях Берии, на всех членов коллективного руководства — Президиума ЦК КПСС и Совмина. До 1954 года, когда Никита Хрущев стал фактическим лидером страны, вся канцелярия, следственные материалы и особые архивы находились у Маленкова. Круглов возглавил МВД, а Серов — КГБ. Таким образом, Никита Сергеевич получил все рычаги информационно-аналитического и силового контроля над страной. В дальнейшем именно Серов, ставший в 1954 г. председателем КГБ, подбирал материалы Хрущеву, когда тот разворачивал кампании борьбы с антипартийной группой и другие акции внутри кремлевского руководства.
Контроль над материалами спецслужб позволил Хрущеву осуществить его знаменитый доклад на XX съезде КПСС. Без Руденко и Серова, тщательно подбиравших нужные лидеру документы, демарш Хрущева был бы невозможен. Комиссия Шверника не проводила настоящего расследования, не копала глубоко, особенно в архивах ЦК. Основные данные, которыми оперировал Хрущев, извлекались из дел, хранящихся в Военной коллегии Верховного суда, Военной прокуратуре, а также в секретных сейфах КГБ.
Во времена хрущевской «оттепели» приоритеты в политике советского руководства изменили и роль силовых ведомств. От Хрущева до Горбачева, а в новой России при Ельцине — руководитель государства периодически «профилактирует» военные ведомства и спецслужбы, указывая им «свое место». Разница лишь в том, что у каждого лидера — свои методы, подходы к расстановке кадров, мотивы для принятия решений. Когда речь шла об удержании личной власти в борьбе с мощными соперниками, Хрущев лично контролировал спецслужбы. Разгромив «антипартийную группу», затем отстранив маршала Жукова от руководства Министерством обороны, Никита Сергеевич почувствовал себя вне опасности.
Жукова обвиняли на Пленуме ЦК 1957 года даже в том, что создаваемые им группы спецназа, отвечающие современным требованиям, предназначались чуть ли не для захвата Кремля. Хотя руководство знало, почему возникла потребность в планомерном реформировании войск «гибкого реагирования»: после событий в Венгрии и Суэцкого кризиса политическое руководство поставило военным плановую задачу на переход к новой тактике десантно-штурмовых и разведывательно-диверсионных операций. В любом случае все шаги военного руководства согласовывались с указаниями партийных органов и контролировались органами контрразведки.