Такое напутствие министра не было, разумеется, случайным. После окончания Второй мировой войны пути бывших союзников по антигитлеровской коалиции кардинально разошлись. США, применившие в 1945 году атомную бомбу против уже поверженной Японии, стали считать себя хозяевами мира и открыто готовили ядерную войну против СССР. Курс на военную конфронтацию с СССР был откровенно провозглашён в знаменитой речи отставного премьер-министра Англии У. Черчилля, с которой он выступил в американском городке Фултоне 5 марта 1946 года. Запад отгородился от СССР и других стран народной демократии «железным занавесом», ввёл ограничения на свободное перемещение дипломатов с Востока, обмен учёными, спортсменами, профсоюзными делегациями.
Вместе с тем в результате предательства агента-групповода резидентуры советской разведки в США Элизабет Бентли работа в этой стране в послевоенный период была осложнена. В 1948 году были закрыты советские генконсульства и другие представительства СССР в Лос-Анджелесе, Сан-Франциско, Нью-Йорке. В сентябре 1950 года в США был принят закон о внутренней безопасности (закон Маккарена — Вуда), по которому срок тюремного заключения за шпионаж в мирное время был увеличен до десяти лет. В соответствии с этим законом десять миллионов американцев — государственных чиновников и сотрудников частных фирм — подверглись проверке на лояльность. В конгрессе США была создана пресловутая комиссия сенатора Маккарти по расследованию антиамериканской деятельности, жертвами которой стало более ста тысяч человек.
Антисоветская истерия ещё больше усилилась после того, как 29 августа 1949 года в Советском Союзе было проведено испытание атомной бомбы. Власти США были настолько напуганы наступившим концом своей монополии на это смертоносное оружие, что объявили об этом событии только спустя две недели, инспирировав предварительно специальный запрос журналистов. В результате проведённого расследования ФБР США пришло к выводу, что американские атомные секреты Советскому Союзу выдал английский учёный-пацифист Клаус Фукс. К тому времени Фукс уже был в Англии. Американцы передали данные на Фукса англичанам. В Англии Фукс был осуждён на 14 лет тюремного заключения, хотя к моменту ареста Фукса ни англичане, ни американцы не имели никаких конкретных данных для предъявления ему обвинения. До момента, когда Фукс сам признался, никто ничего толком не мог доказать.
2 февраля 1950 года К. Фукс был арестован, и ему было предъявлено официальное обвинение. Американские власти просили правительство Великобритании о выдаче Фукса, но английские власти отказались.
24 июня 1959 года, после девяти с половиной лет заключения, за примерное поведение Фукс был освобождён. Он сразу же направился в Восточный Берлин, хотя имел много предложений от университетов Англии, Канады и ФРГ. В ГДР он и прожил до последних своих дней.
В результате предательства Э. Бентли советская агентурная сеть в США была разрушена и её пришлось создавать заново. Для решения этой задачи в 1949 году в США прибыл разведчик-нелегал В. Г. Фишер, ставший затем известным как Р. Абель. Нелегалам Филоненко было поручено работать параллельно с ним в Латинской Америке. Совершив предварительно несколько поездок в ряд латиноамериканских стран с целью закрепления легенды-биографии и проверки документов, в январе 1955 года они выехали в Бразилию, где Михаилу Ивановичу, выдававшему себя за бизнесмена, предстояло заниматься коммерческой деятельностью. На плечи Анны Фёдоровны легли заботы по выполнению оперативно-технических задач — обеспечение сохранности секретных документов, «страховка» мужа при его выходах на встречи в городе. Поначалу всё вроде бы шло неплохо, однако первая попытка Михаила стать бизнесменом провалилась. Созданная им коммерческая фирма разорилась: сказалась неопытность в делах подобного рода.
Впрочем, для Бразилии того времени это не было чем-то необычным: годы благополучной экономической конъюнктуры сменились годами затяжной депрессии. Ежедневно в стране разорялось несколько десятков больших и малых фирм. «Было время, когда опускались руки, казалось, что лучше всё бросить», — вспоминала Анна Фёдоровна. Но даже первый печальный опыт предпринимательства принёс разведчикам пользу. Михаилу несколько раз удалось удачно сыграть на бирже. Заработанных денег с лихвой хватило, чтобы открыть новую фирму и начать коммерческую деятельность с чистого листа. Постепенно бизнес Михаила стал приносить ощутимые дивиденды, и коммерческие дела резко пошли в гору.
Через год Михаил уже завоевал репутацию серьёзного и преуспевающего бизнесмена, часто ездил по континенту, заводил связи среди крупных чиновников, представителей военной и аристократической элиты Латинской Америки, в деловых кругах.
Когда их легализация в Новом Свете закончилась, супруги Филоненко приступили к выполнению разведывательных заданий Центра.