1 января 1939 года А. М. Короткова уведомили о том, что он уволен из органов государственной безопасности. Этому решению предшествовала беседа у наркома внутренних дел Л. Берии.
Как показал один из ветеранов разведки, работавший в тот период в отделе вместе с Коротковым, к Берии была вызвана группа работников отдела. Берия начал с того, что стал у каждого спрашивать, кем тот работает, как идут дела, есть ли трудности. Одновременно задавал вопросы по биографии. Когда очередь дошла до Короткова, Берия спросил его, был ли тот за границей. Александр Михайлович стал подробно рассказывать, Когда и в каких странах работал. Однако Берия прервал его и заявил:
— Раз был за границей, значит тебя завербовали.
Коротков побледнел и начал доказывать, что никто не сможет его завербовать, т. к. он патриот своей Родины и готов за неё отдать жизнь. Однако Берия повторил, что в разведке Коротков больше работать не будет. Присутствующие сотрудники пытались защитить своего коллегу, однако ничего не вышло.
Через пару дней появился приказ об увольнении А. М. Короткова из разведки. Однако комсомольцы отдела не согласились с принятым решением и направили делегацию к секретарю парткома с требованием пересмотреть дало. Комсомольцы заявили, что ручаются за преданность своего коллеги и полностью доверяют ему.
Сам Александр Михайлович написал рапорт, в котором изложил следующее:
«…Я считал, что шёл на полезное дело и ни минуты не колебался, подвергая себя риску поплатиться за это головой… Отчётливо понимаю необходимость профилактических мер, но… я не заслужил недоверия… Не вижу за собой поступков, которые могли быть причиной лишения меня чести работать в органах. Оказаться в таком положении беспредельно тяжело и обидно».
Обращение в партком молодых сотрудников и рапорт Короткова сыграли свою роль. Александр Михайлович был восстановлен в должности, а вскоре направлен на работу за границу. Случай по тем временам редкий, но довольно красноречивый. Перед сплоченными действиями коллектива спасовал даже Берия. Во второй половине 1940 года Коротков прибыл в Германию в качестве заместителя резидента «легальной» резидентуры в Берлине.
Молодость и энергия помогли Короткову справиться с тем огромным объёмом работы, который пришёлся на его долю: по несколько встреч в день с агентурой, отчёты о состоявшихся беседах, подготовка телеграмм и оперативных писем в Москву и многое другое. В некоторых случаях приходилось выезжать на встречи с ценной агентурой за пределы Берлина. И, как всегда, Александр Михайлович тщательно готовился к каждому оперативному мероприятию.
Однажды возникла острая ситуация, которая поставила под вопрос дальнейшее пребывание Короткова в Берлине. Опытный агент Центра «Червонная» попала в засаду гестапо. Возникло опасение, что провалившийся агент может навести гестапо на след разведчика. Ему было приказано прекратить встречи с агентурой и срочно прибыть в Москву для выяснения ситуации.
Через некоторое время Коротков снова прибыл в Берлин. В числе первых он встретился с руководителем подпольной антифашистской группы Сопротивления «Корсиканцем» — Арвидом Харнаком, правительственным советником Министерства экономики.
Вопрос о выступлении Германии против СССР — дело решенное, сообщил «Корсиканец», едва обменявшись рукопожатием с Коротковым.
Информация о форсированной подготовке Германии к войне против СССР шла из Берлина в Центр непрерывным потоком, однако каким-либо заметным образом Москва на это не реагировала.
Обеспокоенный складывающейся ситуацией, Александр Михайлович 20 марта 1941 года направил личное письмо на имя наркома государственной безопасности СССР Л. Берии.