Харро Шульце-Бойзен произвёл хорошее впечатление на Александра Михайловича. Это был целеустремлённый, решительный офицер, который пошёл на контакт с советскими представителями по политическим убеждениям, понимая, что борьбу с фашизмом в одиночку не выиграть.
На основе полученной от «Корсиканца» и «Старшины» информации, а также используя материалы других источников, внешняя разведка регулярно информировала высшее руководство страны о нависшей над страной военной угрозе, ходе разработки планов военных действий и сроках немецкого наступления. Однако Кремль адекватной реакции не проявил. В немалой степени этому способствовало то, что фашистские специальные службы осуществляли большую работу по дезинформации СССР с использованием агентуры и технических средств, чтобы ввести советское руководство и командование Красной армии в заблуждение. К сожалению, это им удалось сделать.
Разведка, тем не менее, сумела принять ряд мер по подготовке агентурной сети в Германии к работе в условиях военного времени.
С началом войны связь с группой «Старшины» прервалась, т. к. немцы заняли все города, где находились принимающие радиостанции.
Надо было срочно восстановить связь, а также готовить новых агентов для засылки в Германию.
Попытки переправить связных в Берлин по тем или иным причинам закончились безрезультатно. Пришлось обратиться за помощью к руководству Разведуправления Генштаба. Нелегал ГРУ Анатолий Гуревич («Кент») сумел из Бельгии добраться до Берлина и восстановить связь. Но произошла трагедия: шифровка, в которой для Гуревича сообщались адреса, фамилии наших агентов и пароли, была немцами расшифрована. Так начался крах берлинской «Красной капеллы». Шульце-Бойзен, Харнак, Шумахер и другие ее участники — несколько десятков мужчин и женщин — были схвачены гестапо и повешены или гильотинированы. Но до своей гибели они все же успели передать через «Кента» ценную информацию о планах немцев под Москвой осенью 1941 года и наступательных операциях лета 1942 года.
В марте — апреле 1941 года в берлинскую резидентуру было направлено указание руководства внешней разведки об организации прямой связи ценной агентуры с Центром. В этом указании, в частности, говорилось: «Создавшаяся обстановка требует принятия строгих мер по переводу основной, наиболее ценной агентуры на прямую радиосвязь с нами, т. е. создания нескольких нелегальных резидентур, которые могли бы осуществлять связь с Москвой по радио».
Однако времени на создание нелегальных звеньев внешней разведки, обучение её персонала работе на рации, закрепление этих навыков на практической работе не хватило.
27 июля 1941 года А. М. Коротков вместе с интернированным составом посольства покинул Германию. В турецком городе Эдирне советские сотрудники были переданы немцами представителям турецких властей и сотрудникам советского посольства в Турции. Через несколько дней Александр Михайлович был уже в Москве.
В августе 1941 года Коротков был назначен заместителем начальника немецкого отдела ГУГБ НКВД. В ноябре он уже стал начальником отдела, на который во время войны было возложено ведение разведывательной работы на территории Германии, Польши, Чехословакии, Венгрии, Болгарии, Румынии, Югославии, Греции.
Положение Короткова как начальника отдела было чрезвычайно сложным. Связь со многими источниками информации в Германии была с началом войны потеряна. Война с Германией сделала невозможным пребывание «легальных» резидентур в тех странах, которые выступили союзниками Гитлера против СССР (кроме Болгарии). В результате репрессий 1937–1938 годов из Германии и других европейских стран были отозваны разведчики-нелегалы. Многие из них были репрессированы.
А. М. Короткову приходилось прилагать в этих условиях огромные усилия, чтобы, по сути дела, воссоздать агентурный и нелегальный аппарат, решать возникающие сложные задачи, налаживать взаимодействие с соответствующими подразделениями НКВД, а в некоторых необходимых случаях — и с Разведупром РККА.
Немало агентурных групп, подготовленных под руководством Короткова, успешно выполняли задания в тылу врага. Для переброски разведчиков в Германию и соседние с ней страны использовался метод внедрения агентуры в среду трудоспособного населения, вывозившегося в Германию из оккупированных областей СССР на принудительные работы.
Ряд мероприятий по переброске и документированию нелегалов осуществлялся в контакте с английскими спецслужбами. Подготовленные в отделе Короткова нелегалы стали прибывать в Англию в начале 1942 года. Здесь их размещали на конспиративных квартирах, обеспечивали соответствующей экипировкой, документами и затем перебрасывали на территорию Германии и в оккупированные ею европейские страны. За время войны на вражескую территорию было заброшено таким образом около двадцати разведчиков. Однако следует отметить, что, несмотря на огромную работу по задействованию этого контингента, положительных результатов получено не было. Заброшенные в тыл противника разведчики бесследно исчезали. В дальнейшем их судьбу установить не удалось.