В июне 1946 года демобилизовался и уехал домой. Родная деревня встретила неприветливо: все домашнее хозяйство разграбили полицаи. В отместку за то, что семья ушла к партизанам. К счастью, родительский дом уцелел. Иван Леопольдович принялся за восстановление хозяйства. Одновременно устроился заведующим библиотекой. В мае 1947 года его пригласили на службу в органы госбезопасности. Чекистам приглянулся достаточно образованный, простой и откровенный парень, к тому же фронтовик. В первые послевоенные годы одной из задач спецслужб было уничтожение бандформирований. Именно на этот непростой участок работы и направили молодого сотрудника.
— Бандиты получали подкрепление из-за границы. Решение о передаче функций борьбы с ними принималось органами госбезопасности на уровне правительства, — вспоминает Иван Леопольдович.
Премудрости чекистской работы молодому сотруднику пришлось осваивать буквально на ходу. Помогали природная смекалка, обстоятельность и стремление честно и добросовестно выполнять задания. Спустя некоторое время молодой сотрудник идёт на повышение. Его назначают оперуполномоченным и направляют на борьбу с вооруженными бандформированиями из Украины и Польши.
— Появилась «мода» забрасывать в Советский Союз агентов, — рассказывает Иван Леопольдович. — В основном это были выходцы из СССР, которые после войны по разным причинам оказались за границей. Вербовали их английские или американские спецслужбы.
В 1952 году чекисты уже несколько месяцев охотились за агентом из США. Он успел передать данные о стране, связался с бандой, вместе с которой грабил. Банда наконец попадает в окружение, но лазутчику удается уйти. Чекисты, догадываясь, куда пойдёт агент, прибегают к хитрости. В водку, которую передали главарю для угощения, подсыпали снотворное. Преступник выпил ее и, ни о чем не подозревая, уснул. Так его сонного и привезли в МГБ Белоруссии.
— Иван Леопольдович, как удавалось узнавать о задумках и действиях шпионов? — спрашивает корреспондент генерала.
— Работали на упреждение, о грядущих «подвигах» на белорусской земле разного рода иностранных лазутчиков узнавали раньше, чем они могли натворить бед, — рассказывает Лысаковский. — Мы установили места нахождения многих главарей белорусского националистического подполья — активных пособников нацистских оккупантов. В те годы, встав на довольствие американской спецслужбы, так называемый президент БНР Николай Абрамчик и его подручный Борис Рогуля выступили в роли активных поставщиков агентуры.
В 1950–1953 годах благодаря усилиям белорусских чекистов были выявлены и обезврежены американские агенты Филистович, Дикий, Морелли, Козлов, Джо, Карл, Фин, Бен, Хмельницкий, Новиков, Лысенко. Некоторых из них затем привлекали к радиоиграм с американской разведкой.
В 1954 году Иван Лысаковский сменил военный мундир на пиджак и галстук, которые не снимал даже под палящим солнцем — стал вначале контрразведчиком, затем разведчиком. С различными заданиями он побывал в США, Германии, Польше, Бельгии. Чаще всего задания были связаны с поиском и приобретением источников информации, сбором сведений о возможных внешних угрозах стране. О многих из них еще не пришло время рассказывать… В 1971 году Иван Леопольдович получил телеграмму, из которой узнал, что теперь он генерал-майор:
Очень скоро последовало новое ответственное задание. В Японии на острове Окинава проходила всемирная выставка, посвященная защите Мирового океана, в которой участвовали более сотни государств, в том числе был открыт и большой советский павильон. КГБ использовал выставку для сбора информации. Возглавил группу разведчиков генерал-майор Лысаковский.
— Мы работали под прикрытием гидов-переводчиков, — вспоминает Иван Леопольдович. — Удалось установить очень хорошие дружеские отношения с генеральным комиссаром павильона США. Использовали своё пребывание там для получения сведений, которые интересовали нашу науку. Это, в первую очередь, вопросы, связанные с проблемами исследования Мирового океана с использованием глубоководных аппаратов. И нам удалось получить хорошие материалы.
В 1976 году Ивана Леопольдовича назначают первым заместителем председателя КГБ Белоруссии. А через три года он становится начальником Минских высших курсов, где чекисты получают дополнительные навыки. Без малого десять лет почётный сотрудник госбезопасности, генерал-майор Лысаковский занимался воспитанием молодых сотрудников для территориальных управлений госбезопасности и вышел в отставку в возрасте 67 лет.