В марте 1993 года Ратко Младич возглавил подразделения, наступавшие на анклав Сребреницу (
24 марта 1994 года при невыясненных обстоятельствах погибает Анна Младич, 23‑летняя дочь Ратко Младича, студентка медицинского института, которая якобы застрелилась из наградного пистолета отца. Её тело было найдено в парке или лесу около кладбища Топчидер. По мнению Ратко Младича, дочь никогда бы не стала брать его оружие и была убита. Как вспоминали его сын Дарко и жена Боса, в ту ночь они не слышали ничего подозрительного, в том числе и выстрела из пистолета. По их мнению, Анна была убита. Те, кто хорошо знал Ратко Младиче, считают, что смерть дочери разделила его жизнь на две части, и от этого удара он так и не смог оправиться.
Сребреница является небольшим шахтёрским городком, который получил своё название благодаря серебряным рудникам, находившимся в его окрестностях. В апреле 1993 года Совет Безопасности ООН объявил Сребреницу «зоной безопасности», свободной от всякого рода военных действий, и разместил в ней голландских миротворцев в количестве 600 человек, вооружённых стрелковым оружием. 6 июля 1995 года к Сребренице подошли подразделения Дринского корпуса ВРС. 11 июля анклав, который за несколько дней до этого покинул командир 28‑й дивизии АРБиХ Насер Орич, был занят. Вместе с ним из города сбежала часть подчинявшихся ему боевиков. Вскоре возник миф о том, что ВРС уничтожила около 8 тыс. гражданских лиц мусульманской национальности. Это и стало одним из главных обвинений, на основе которого в последующем МТБЮ вынес генералу Младичу пожизненный приговор.
Исходя из соображений безопасности, Ратко Младич, произведенный к этому времени в генерал-полковники, организовал эвакуацию населения Сребреницы. Из мужчин боеспособного возраста (старше 15 лет) сформировали колонну численностью от 10 до 15 тыс. человек, включая около 5 тыс. военнослужащих, отправив её в Тузлу, находившуюся под контролем мусульман. Более того, им даже разрешили взять с собой оружие. Стариков, женщин и детей (более 22 500 человек) посадили в автобусы, которые тоже уехали в Тузлу. Ратко Младич лично гарантировал безопасность мирных жителей. Более того, пресс-секретарь Верховного комиссариата ООН по делам беженцев в Женеве обвинил 15 июля боснийские власти в Сараеве в том, что они мешают оказанию помощи беженцам. Всемирная организация здравоохранения зарегистрировала 35 632 беженца из Сребреницы.
События, произошедшие с колонной мусульманских мужчин после того, как она покинула Сребреницу, до сих пор остаются загадкой. Вечером 12 июля эта колонна попала под артиллерийский обстрел, в результате чего гражданские беженцы разбежались. В конечном итоге до Тузлы добрались от 5 до 10 тыс. человек. В любом случае, никаких приказов о расправе над ними никто не отдавал. Есть указания на то, что имел место расстрел ста военнопленных мусульман сербскими военными, потерявшими свои семьи из-за карательных акций боевиков АРБиХ. Кроме того, из воспоминаний самих мусульман известно, что перестрелки происходили и внутри колонны. Но целенаправленного уничтожения мирного населения безусловно не было, поэтому ни о каком «геноциде» говорить не приходится.