Уже в первые месяцы войны две трети территории Карело-Финской ССР, включая столицу республики — город Петрозаводск, были оккупированы финскими войсками под командованием Маннергейма. Директивой Ставки ВГК от 23 августа 1941 года № 001199 Беломорск (Сорока) был определён местом дислокации штаба Карельского фронта. Андропов вошел в штаб партизанского движения при Военном Совете Карельского фронта. По свидетельству подполковника КГБ СССР Константина Ивановича Горожанина, который в 1942 году в составе отряда особого назначения ОМСБОН НКВД СССР прибыл в Беломорск для выполнения задания пройти зигзагом от Петрозаводска до Кандалакши и установить места дислокации немецких и финских войск, Андропов ходил в сапогах и военной шинели и жил в одной землянке с начальником штаба партизанского движения, членом Военного совета Карельского фронта генерал-майором Сергеем Яковлевичем Вершининым — легендарным чекистом, обладателем знака «Почётный работник ВЧК — ГПУ (V)» за № 593 и знака «Почётный работник ВЧК — ГПУ (XV)» от 29 августа 1936 года. Сергей Яковлевич умер 4 сентября 1970 года и похоронен на Новодевичьем кладбище в Москве. Возглавлял организацию похорон и проводил их лично Юрий Владимирович Андропов.
25 декабря 1941 года Андропов получает письмо от заведующего военным отделом ЦК ВЛКСМ Д.В. Постникова, который в ноябре и декабре находился в командировке в Беломорске: «Здравствуй, Юрий! До Москвы добрался хорошо. Я теперь в новой должности — зав. военным отделом. Громов в госпитале. Была авария с самолётом. Берёзкин, его адъютант, инструктор военного отдела, погиб. Остальное всё по-старому. О вашей просьбе. Парафин и воск достал. Удовольствие стоит 200 тысяч рублей. Я думаю, очевидно, у вас уже нет таких денег. О людях говорил с Михайловым (Николай Александрович Михайлов, первый секретарь ЦК ВЛКСМ
В Национальном архиве Республики Карелия среди документов военного времени имеется папка под грифом «Совершенно секретно», в которой собраны материалы о комсомольском подполье в 1942 году. Лишь недавно они стали доступны исследователям. Эти материалы убедительно доказывают активное участие Андропова в организации подпольных комитетов комсомола и подготовке их кадров. Среди документов планы создания подпольных структур, их задачи, места дислокации, состав групп. Все эти материалы завизированы или подписаны Андроповым.
Когда наши войска покидали Петрозаводск, там была оставлена группа комсомольцев. 26 июня 1942 года к ним были нелегально направлены Яковлев Иван Егорович и Маунумяки Павел Матвеевич. В задании сказано: «Выброска на парашютах. Срок 10 дней. Основная цель ходки — достать документы на право проживания на территории Прионежского района и г. Петрозаводска для карелов и финнов (паспорт, пропуска на право передвижения по району, на въезд и выезд из города, продовольственные карточки). Использовать все средства и способы. С людьми, у которых отбираются документы, Маунумяки и Яковлев поступают в соответствии с обстановкой, обеспечивая прежде всего свою безопасность. Принять все меры, чтобы избежать провала, на случай же, если будут обнаружены, отстреливаться и не сдаваться в плен. При неожиданном пленении ни в коем случае не рассказывать о задании. Ходка Маунумяки и Яковлева не легендируется. Они должны вести себя мужественно, перенести любые лишения и не поддаваться ни на какую провокацию. Группа снабжается продовольствием на 15 дней. Маунумяки вооружается автоматом (чехословацким), Яковлев — наганом. Получают 2 финских ножа, белье, одежду, компас».
А вот некоторые другие задания: «Сентябрь 1942 года. Группа в Финляндию, в г. Оулу. Яккола Хельми Константиновна. Родилась в США. Тервонен Анна Алексевна. 1919 г.р. Из д. Войница. Учитель… 7 октября 1942 года. Заброска боевой дружины в тыл противника для проведения работы среди заключенных концлагеря… Боевая дружина ЦК ЛКСМ КФССР. Район действия — шоссейная дорога Юнтусранта — Лонко — Войница — Ухта. Задача — диверсии, захват пленных… План переброски секретаря подпольного Заонежского райкома ЛКСМ для ведения политической работы среди молодежи. Дудкова Дарья Харитоновна. 1922 г.р. Русская. Кличка — Даша. Продукты на 1 месяц. Легенда. Направляется с группой НКВД…»