– Me 328A-3 – как и версия A-2, но с устройством для дозаправки топливом в полете от самолета-носителя;
– Me 328B-1 – как и версия A-1, но способный нести под фюзеляжем бомбу весом до 1000 кг;
– Me 328B-2 – как и версия A-2, но способный нести под фюзеляжем бомбу весом до 1000 кг;
– Me 328B-3 – как и версия B-2, но рассчитанный на доставку бомбы SD 1400 весом 1400 кг.
Пока шла разработка Ме 328, программу создания дальнего бомбардировщика Ju 290Z отменили, поэтому истребитель перенацелили на применение со спины самолетов-носителей Не 177 или Ме 264, вследствие чего крыло сделали обычным, а не раздвижным. После отцепки Ме 328 должен был охранять бомбардировщик-носитель от атак истребителей противника, после выполнения боевого задания вернуться на свой аэродром и осуществить посадку на выдвижную лыжу. В качестве истребителя-бомбардировщика Ме 328 отцеплялся от носителя недалеко от зоны противника, проникал в нее на малой высоте и атаковал бомбой наземную цель или корабль, после чего возвращался на свой аэродром. Помимо вариантов раздельного выполнения функций также рассматривался вариант комбинированного боевого применения: вначале Ме 328 выполняет задачи легкого бомбардировщика, затем возвращается на самолет-носитель, дозаправляется топливом и выполняет функции истребителя охранения.
Первый полет прототипа Ме 328 в планерном варианте состоялся 5 ноября 1942 г. Постройка первых десяти опытных машин (от V1 до V10) началась в марте 1943 г. на производственных площадях планерной фирмы Jacob Schweyer Segelflugzeugbau в кооперации с DFS. Первые три опытные машины имели деревянное крыло, металлический фюзеляж, а хвостовая часть фюзеляжа заимствовалась от серийного истребителя Bf 109. Серийные же машины Ме 328 предполагалось полностью изготавливать из дерева, снизив трудоемкость изготовления до 4200 человеко-часов на один самолет.
Параллельно с постройкой опытных машин велись интенсивные испытания в аэродинамической трубе с целью определения оптимального расположения двигателей As 014. При расположении двигателей над или под крылом возникало вредное влияние вибрации на силовые элементы крыла и, кроме того, реактивные струи двигателей попадали на хвостовое оперение. Установка же двигателей по бокам фюзеляжа в хвостовой части позволяла избежать этих воздействий, но, с другой стороны, возникали проблемы с узлами крепления двигателей и воздействием вибрации на хвостовую часть.
В конце 1943 г. во исполнение требований А. Гитлера об ускорении разработок новых видов наступательного оружия было принято решение прекратить работы по серии A и сосредоточить все усилия на разработке машин серии B. Осенью того же года в Хёршинге (Австрия) начались летные испытания первой опытной машины Me 328V1 (еще не оснащенной двигателями), проводившиеся летчиками-испытателями Ханной Райч и Хайнцем Кенше. В качестве самолета-носителя использовался Do 217, испытания проводились в диапазоне высот от 3000 до 6000 м и скоростей от 145 до 745 км/ч. Безмоторные испытания показали, что самолет имеет неплохие аэродинамические характеристики. В апреле 1944 г. был выдан заказ на постройку предсерийной партии самолетов Ме 328B-0 на заводе в Тюрингии.
Ме 328B-0 был полностью деревянной конструкции. Для обеспечения возможности аварийного покидания самолета летчиком хвостовая часть фюзеляжа крепилась к средней части с помощью разрывных болтов. При ее отделении кресло вместе с летчиком как бы выдергивалось из кабины, после чего летчик спускался на парашюте.
Посадочное устройство самолета представляло собой выдвижную подфюзеляжную лыжу, которая одновременно являлась и бомбодержателем. По этой причине Ме 328B, взлетев с самолета-носителя с подвешенной бомбой, мог осуществить посадку на лыжу только после сброса бомбы. Двигатели устанавливались под крылом на держателях с демпферами, нижняя поверхность крыла в месте установки двигателей имела асбестовое покрытие. Топливо в двигатели подавалось с помощью электронасоса, питавшегося до запуска электрогенераторов от аккумулятора. Электрогенераторы во время полета приводились во вращение двумя ветрянками, расположенными в корне крыла (на некоторых опытных машинах ветрянки располагались вблизи законцовок крыла).
Опытные машины с двигателями взлетали с земли при помощи катапульты КL-12 Madelung, рельсовой ракетной стартовой тележки RhB или за самолетом-буксировщиком на сбрасываемой двухколесной стартовой тележке. Двигатели могли сбрасываться в полете в случае возникновения аварийной ситуации. На этапе летных испытаний и начались основные неприятности, связанные с вредным воздействием вибраций и акустических нагрузок от двигателя на силовой каркас самолета. Произошло несколько несчастных случаев, в том числе потеряли две машины из-за разрушения хвостовых частей фюзеляжа.