Во время своей коронации, произошедшей 1 октября 1553 года, Мария обещала поддерживать права Святого престола, равно как и свободу в государстве. В акте парламента отменялись все законы правления Эдуарда VI, связанные с молитвенными книгами, единообразием и женитьбой духовенства. Синод Кентербери объявил, что доктрина о евхаристии верна.
Однако произошедшего оказалось вовсе не достаточным, чтобы восстановить власть папы. Королева обнаружила, что легче было восстановить католическую церковь 1546 года, чем католическую церковь 1528 года. Английский парламент совсем не хотел, чтобы власть папы в Англии была восстановлена. Он стремился, чтобы королева вышла замуж за англичанина, а вовсе не за испанца, и нанес ей обиду, подав петицию по данному поводу.
Оказалось, что не так легко восстановить церковь в том виде, в каком она существовала до 1547 года. Епископ Боннер требовал, чтобы дарохранительницу повесили над алтарем, воссоздали каменный алтарь, распятие, хоры, кадило, одеяния и священный колокол. Поскольку многие священники или церковные сторожа, не говоря о толпе, уничтожили или продали эти предметы, то осуществить распоряжение епископа первоначально оказывалось невозможным.
Лондонцы проявляли такую ожесточенную враждебность, что императорский посол Симон Ренард даже сразу же заподозрил, что начнется революция. Из отчетов церковных старост того времени ясно, что обновленные хоры оказалось легче заменить, чем восстановить старые разрушенные.
Миряне подозревали, что если они примут папского легата Реджинальда Пола в качестве своего нового архиепископа Кентерберийского, то рискуют тем, что их заставят отдать прежние монастырские земли. Согласно каноническому закону, церковную собственность нельзя было отчуждать.
Палата общин опасалась, что законодательное восстановление власти папы может означать земельные изъятия у многих ведущих землевладельцев страны. Их опасения усилились, когда папа отказался полностью подтвердить, что согласен с возмещением за отторгнутые церковные земли.
7 ноября 1554 года папа Юлий III, наконец, дал соответствующие гарантии. Еще через месяц папе разрешили высадиться в Дувре, его восторженно приняла толпа в Лондоне. 30 ноября 500 членов парламента преклонили колени, чтобы получить у папы отпущение грехов за неподчинение и раскольнические действия в Английском королевстве, затем спустились в часовню, чтобы спеть Te Deum.
Спустя шесть лет конвокация подчинилась легату и, таким образом, получила прощение. Однако закон парламента, который повторял законы Генриха VIII, направленные против папы, также подтверждал права мирян в связи с продолжавшимся владением бывшими церковными землями. Мария начала возвращать обратно собственные земли, но этот процесс вскоре сошел на нет.
Королева также восстановила несколько монастырей, самым значительным из них стало Вестминстерское аббатство. Поскольку старые монастырские земли оказались недоступными по закону, каждый монастырь следовало вновь обеспечить постоянным доходом, и недостаток денег ограничивал количество монастырей, которые можно было основать.
Попытка вновь основать монастырь в Гластонбери провалилась, поскольку вклады оказались незначительными. В основном монастыри были перенаселены, в них находились монахи и монахини из разрушенных монастырей.
В декабре 1554 года снова опубликовали три старых закона против ереси. 4 февраля 1555 года на Смитфилде сожгли первого протестанта, Джона Роджерса.
За последующие три с половиной года почти три тысячи человек, высокого и низкого положения, богатые и бедные, сжигались по обвинению, что они являлись протестантскими еретиками. Среди них оказались и пять бывших епископов: Феррар из Святого Давида, Хупер, Ридли, Латимер и Кренмер. Ридли и Латимера сожгли вместе в Оксфорде 16 октября 1555 года.
Двух испанских монахов отправили в Оксфорд, чтобы те вступили в диспут с Кренмером и убедили, что умеренному и нерешительному по взглядам лучше поверить в Отцов Церкви, чем в папское превосходство (как он ожидал, что от него потребуют).
В конце февраля 1556 года Кренмер подчинился католической церкви и папе как высшему главе, заявив, что верит во все положения католической веры, и объявил еретиками Лютера и Цвингли. 18 марта он подписал документ о покаянии, о том, что признает ошибочным свое архиепископство и объявление о разводе короля Генриха VIII.
Когда назначили день сожжения Кренмера, шел дождь, и его поместили на платформе перед церковью Святой Марии, где доктор Коль прочитал ему проповедь. В конце проповеди Кренмер помолился, глубоко раскаиваясь, и затем, к удивлению собравшихся и ужасу властей, отрекся от всего. Он сказал, что не верит в то, под чем подписался, и сделал так исключительно потому, что надеялся спасти свою жизнь. У столба Кренмер держал свою правую руку в поднимавшемся пламени.